有的,拉丁美洲各国在独立战争后,并没有解决所有与前宗主国的矛盾,这和宗主国19世纪的发展相联系,造成了之后的军事冲突。
比如西班牙在墨西哥1821年宣布独立后,没有承认。西班牙当时在墨西哥还有很多侨民,其中包含许多波旁改革时期迁移过去的商人,这些商人因为西班牙殖民政府赋予的贸易特权控制墨西哥经济,被墨西哥本地人憎恨,独立后,墨西哥政府不断颁布法令驱逐西班牙商人,没收其财产,导致西班牙与墨西哥关系更加恶化。费尔南多七世时期,在1829年派遣西班牙军队入侵坦皮科,试图夺回墨西哥殖民地,但是被墨西哥军队击败,率领其的就是后来臭名昭著但是百折不挠的桑塔安纳将军。
还有1865年的钦查群岛战争,当时西班牙自由派掌权,热衷对外殖民扩张和获取贸易霸权,夺取商品市场和原料产地,当时秘鲁控制的钦查群岛盛产鸟粪,是可以用作肥料的重要出口商品。西班牙海军占领这一地区,引发秘鲁、智利、玻利维亚的联合反抗,后者通过海军与西班牙抗衡,最终迫使西班牙放弃。
还有就是多米尼加,独立后被海地占领,后来再次取得独立后,1861年西班牙恢复了殖民统治,一开始对于当地人是对抗海地的一个办法,但是1865年因为西班牙的横征暴敛,当地人再次暴动获得独立。
还有独立后的西属拉美国家,与西班牙关系的一大障碍,是西班牙继续对古巴的殖民统治。西班牙可能以古巴为跳板威胁拉美各国,所以古巴在19世纪的两次独立战争时期,拉美许多国家给予公开或暗地的支持。而美西战争后,随着古巴的独立,美国取代西班牙成为实际控制者,西班牙与拉美各国的关系反而极大缓和了。