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请问这个分子是啥,有毒性吗? 第1页

  

user avatar   zuan-shi-huang-lao-wu 网友的相关建议: 
      

路过发现小众问题下有大佬神仙打架,进来插一脚:

题主提了两个问题,第一个是“这个分子是啥”,第二个是“有毒吗”。

先解决第一个问题。我用ChemDraw试着画了一下,除了左下角的苯环邻位环氧含磷四元环有点奇怪,剩下的看起来还好……

我尝试着用ChemDraw里的“Convert Structure to name”来命名,但是它告诉我“A name could not be generated for this structure(狗头)”。为了命名,我把结构中的D换成非放射性的同位素氕,得到的结果是:

1-(4-acetyl-5-(6-(5,5-dichloro-2-(2-((8,8-diethoxy-4-nitro-7-oxa-8l5-phosphabicyclo[4.2.0]octa-1(6),2,4-trien-8-yl)thio)ethyl)-1-mercapto-1-phenylpent-4-en-1-yl)-1-methyltetradecahydroanthracen-1-yl)cyclopent-1-en-1-yl)-3-cyclopentylpropan-2-one

更新:氘(D)也是不具有放射性的,感谢评论区 @Wang.J 指正。

该物质的SMILE是:

SC(C1CCC(CC(C(C)(C2C(C(C)=O)CC=C2CC(CC3CCCC3)=O)CCC4)C4C5)C5C1)(C(CCSP(C6=C7C=C([N+]([O-])=O)C=C6)(O7)(OCC)OCC)CC=C(Cl)Cl)C8=CC=CC=C8

试着再用“convert name to structure”把名字转回结构,结果是:

除了氕和氘的问题之外,完美!好的,第一个问题我们已经解决了。这个物质的英文名就是上边引用部分的文字(氘代),结构就是上边的图片。

(ChemDraw支持用D来表示氘,但是不知道为什么我每次试的时候在复杂大分子上就没法正常生成名字了,各位大佬可以试试)


第二个问题……我觉得现有的数据库里应该不包含这种物质,所以我又回到了我的本行,找出了毒理学中常用的毒性预测软件。这类软件有很多,我比较常用的有T.E.S.T和Toxtree。这里以后者为例试着使用AI预测一下该分子的毒性。

(步骤:将ChemDraw中画出的图以mol格式保存,然后用Toxtree读取)

Toxtree中有若干决策树,分别应用于各个不同方面的毒性,使用者也可以构建自己的决策树。这里先来一个常用的:致癌性预测。

结果是:

Structural Alert for genetoxic carcinogenicity,即算法认为该物质的结构会产生基因毒性与致癌性。通常来说此类物质会在细胞核内与DNA结合,导致DNA变异、错配甚至断裂,对细胞造成损害,以至于积累成癌症。这类物质统称为DNA加合物,包括黄曲霉素、亚硝胺(亚硝酸盐的代谢产物)、乙醛(酒精的代谢产物)等。同理,使用其他决策树,我们可以得出一系列结论,包括其经口毒性较高、对眼睛没有腐蚀性等。


这里补充一下T.E.S.T预测出来的大鼠经口LD50的值:

(个人感觉T.E.S.T比Toxtree准确且定量效果好一些)

预估的大鼠经口LD50是64.4mg/kg体重,按照Hodge和Sterner的分类标准应该属于中等毒性。

而按照Gosselin, Smith和Hodge的分类方法则属于“非常有毒”。

那么第二个问题也基本得到了解决:计算机算法认为此物质有较大概率有致癌性,此外经口毒性预期也比较大,因此可以将其视为一般意义上的“有毒”。


综上,得出结论:

第一,该物质的去氘代版本叫做1-(4-acetyl-5-(6-(5,5-dichloro-2-(2-((8,8-diethoxy-4-nitro-7-oxa-8l5-phosphabicyclo[4.2.0]octa-1(6),2,4-trien-8-yl)thio)ethyl)-1-mercapto-1-phenylpent-4-en-1-yl)-1-methyltetradecahydroanthracen-1-yl)cyclopent-1-en-1-yl)-3-cyclopentylpropan-2-one

第二,该物质很可能有毒且致癌。

回答完毕,不知道题主 @Triborg 满意否?




  

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