个人觉得主要是因为来源语言与汉译规则皆缺乏统一标准所致。
来源方面,「科穆宁娜」很显然并非基于中古希腊语音,而是对拉丁文转写Comnena的音译,「伊琳娜」亦是译自转写后的拉丁文Irene[1]。至于「伊萨克」这个译法,此处的问题主要在于Ισαάκιος本身是由本名Ἰσαάκ与表修饰/归属的名词/形容词后缀-ιος组成,而对于此类姓名目前缺乏统一的汉译准则。例如Ἡράκλειος一般被译作「希拉克略」,但Ἡράκλειος = Ἡρακλῆς + 后缀-ιος,若按Ισαάκιος的译法舍后缀而单取本名,则应作「赫拉克勒斯」,若音译全名则应接近「伊拉克利奥斯」,「希拉克略」这种省略尾音节但又不取本名的译法更像是在仿照「Iustinianus/Ἰουστινιανὸς > 查士丁尼」的模板[2]。再举一例,Διονύσιος通常作「狄奥尼修斯」或「狄奥尼西奥斯」,此处的汉译偏好又变成了音译全名(Διονύσιος = Διόνυσος + 后缀-ιος)而非舍后缀而取本名「狄奥尼索斯」或略去末尾音节;如果说这么翻译是出于避免与神话人物混淆的考虑,那么是否可以至少在翻译方案上保持统一呢?类似的译法不统一的案例还有Θεοδόσιος > 狄奥多西、Βασίλειος > 巴西尔、Ἀλέξιος > 阿莱克修斯等等;其中「巴西尔」这个译名,本回答提到的两点问题在它身上都能找到。
把视角稍微放大一些,我们所面对的问题实际上是:翻译外文人名地名、尤其尚不存在统一翻译标准的人名地名时,究竟何时该以内名(endonym)为准,何时该采用外名(exonym)?若采用内名,又应当在多大程度上追求还原度?当存在不止一个通用内名时该如何进行取舍?若内名的读音或正字法已经发生了很大变化,是否有必要在翻译时反映出这些变化?我不认为这些问题存在标准答案,但这并不意味着不可以在一定范围内做订立规则的努力。