应该说是有一套谍报系统,你要说他们是忍者也可以,不过不是影视动漫作品里那样,就是一些便衣的密探吧。
比如在镰仓以前平氏大权在握的时候,平家雇佣了一群穿着红色衣服的小孩子,在人群聚集的地方偷听大家谈话,发现有不利于平家的言论就去官府告密,这些被称为“秃童”的小孩子就算是密探了。
前几年津轻大学考古,发表了对石田三成后代在津轻当地管理的忍者屋敷的论文,并且试图通过这个来证明三成早先在秀吉手下也是负责谍报工作(比如对贱岳合战时期三成的信做了另一个角度的解读。)这里三成后代所做的工作应该也是以民间调查,舆情引导为主。
k君的回答里提到了江户时期的大目付柳生,总体来说柳生的机构是在江户初期发挥作用,后面大目付变成了一个掌管礼仪和法律显要的职务,主要还是身份象征。各藩国的大名也设置了目付,他们是负责家中法度的,比如调查和处理家臣间的私斗,家臣间的检举揭发之类的。
还有在八代将军吉宗的时代设置了御庭番众,从名称上就能看出这些人是化妆成园丁,最初他们是调查各地大名是否有信仰天主教的迹象的,这些人比较符合影视里的忍者形象吧。