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如何看待西班牙研究人员称在去年3月废水样本中检出新冠病毒? 第1页

  

user avatar   lengzhe1984 网友的相关建议: 
      

这个事情,被媒体炒作的热火朝天,不管是西班牙还是国内媒体,我看了下央视还有人民都转发了这条新闻,但是大家忽略了一个客观问题,预印本的论文研究不建议作为媒体报道的事实依据。

关于预印本网站的阅读须知,我建议大家看看这篇文章。

我们在来看下这篇论文

作者不算陌生,前段时间宣布在1月份的西班牙污水处理厂废水样本里检测到病毒的就是他们团队。

研究团队用的检测方式与以前他们用的方式类似,主要检测了聚合酶(RdRp)基因,IP2和IP4片段,E蛋白的E片段以及N蛋白的N1和N2片段。

作者在分析污水处理厂的历史样本的时候,有一个“惊人的”发现。样本时间范围包含从2018年(1月至3月),2019年(1月,3月,9月至12月)和2020年(1月至3月)。

看图:

作者在2019年3月12日的样本中测出了IP2和IP4含量。于是作者就凭此内容推断去年3月西班牙就有新冠病毒流传。

这就是论文得出的结论。

那这个可信度有多少?

如果连续在19年1-3月或者后续的时间里检测到病毒片段,那肯定可以说明病毒存在情况,但是在众多的样本中只有这1天的样本中检测出,那是不是要考虑样本在操作中被污染?在排除污染以后需要确定IP2和IP4阳性扩增的结果情况,能否在复现?也就是说在这个样本中能否在重复这个检测结果?为什么只有IP2和IP4检测到了阳性,其他都是No呢?是否检测出来的是其他的类SARS病毒基因片段?

论文研究者有没有对阳性样本做过宏基因组测序?如果有的话相信能得到更多的答案,但是不确定他的样品里能否找到足够的序列片段测序。

如果这些问题能够在正式发表论文中得到一个解答,那么我们整个对病毒的认知都需要做出一个调整。如果不能,那么这个事情就没法说了,从科学角度来说没有意义。从其他角度到是给很多人提供了一个打嘴炮的材料。


user avatar   lu-qi-84-48 网友的相关建议: 
      

这条新闻于6月26日在西班牙各媒体曝出,主要内容基本都是说在去年3月的巴塞罗那污水厂的样本中检出了新冠病毒的基因序列。

然而正如新冠病毒期间满天飞的各类学术纷争,这篇文章基于的文献也是个预印本,也就是没有经过同行评议的文章,理论上是需要谨慎对待的。无奈媒体们都想搞个大新闻,于是6.13就发在medrxiv上的预印本就被西语媒体们发出来,并互相疯狂转载了。

于是我去看了一眼这篇预印本。第一印象是真短,而且标题也没提到发现2019年3月病毒的事情,我以为是又乌龙了...

接着往下看,文章大概讲解了他们通过研究巴塞罗那两个污水处理厂的污水样本想要探寻新冠病毒在当地的具体发展情况。似乎听起来还挺可行,作者们也就是想鼓励把这个当成一个监测区域疫情发展的工具。作者也提到这两个污水处理厂的样本并不能完全相符合,因为WWTP2这个污水处理厂它会混雨水进管道之类的,导致生活污水被稀释。

不过当然这不是大家想要关注的重点,作者还提到,他们在污水样本中发现,从今年(2020)1.15开始,污水样本的新冠基因检测到的量就开始上升,作者认为这证明在西班牙第一例报告病例发生前,病毒已经开始传播了(这咱早就料到了)。

于是这作者就想啊,那是不是我们再往前做做看看呢?你看这新冠病毒它多像流感啊,说不定就有人得了但是自己不知道呢?这不测没关系,一测吓到了,作者从2018年一月的样本测到2019年12月的样本,除了2019年3月12日的一个样本以外,全部报告了阴性,作者也说这个发现很striking。不过,最后作者没有偏离主题,而是规规矩矩地表示这个工具可以在以后的病毒疫情情况监控中起到作用。

想必大家肯定想知道,这说法可靠吗?巴塞罗那去年3月真有病毒吗?看文献的话有一个问题就是他们只测了IP2和IP4的测试,而剩下的三个测试好像也没说有没有测,然而前面的研究都使用了五个测试,作者也没有讲为啥没测剩下的三个测试,(有人说是样本一次都用完了,我寻思这污水厂留的样本也不至于这么少吧)这一点上稍稍降低了这件事的置信度。

总的来讲,这篇文章还在预印本阶段,不能作为病毒追溯的实质性证据,只有在其他实验室做了类似的实验得出相似的结论后(不过确实很难复现,没有广泛传播的病毒在污水里的浓度堪忧),才能验证这个研究是否是solid。

不过如果这个是真的,那就又要扯出很多病毒传播的问题了。毕竟病毒爆发在武汉但是却在欧洲1月份就有检出,这就已经很奇怪了。

让子弹飞一会。


user avatar   phobos 网友的相关建议: 
      

就那一个月样本有检出,此前没有不稀奇,此后也没有了,那就不是古老病毒的长期存在,这什么情况?

游客?

投毒?


user avatar   zhuangshilihe 网友的相关建议: 
      

我看完了这篇论文。只说重点。

-为什么要检测污水?

虽然新冠肺炎(COVID-19)主要是一种呼吸系统疾病,但大量的病毒(SARS-CoV-2)或病毒核酸片段在粪便中脱落,最终进入下水道。因此污水中的病毒检测有助于检测病毒是如何在人群之中传播的。

另外,目前尚且没有证据证实污水是新冠肺炎的传播渠道,因此有必要对其进行更多研究,这是这项研究的出发点之一。


检测了哪些污水?

研究人员对于巴塞罗那两个大型污水处理厂来自2018年(1-3月)、2019年(1-3月、9-12月)和2020年(1-3月)的污水冰冻样本进行分析。

处理方法大致如下,先将800毫升污水样本用20%的聚乙二醇浓缩,然后用3毫升的PBS缓冲液(看到这个词就回想起了我当年苦逼的实验经历)再悬浮,最后取1毫升浓缩液提取核酸,用 NucliSENS®萃取系统进行洗脱,


病毒检测怎么做?

病毒检测和核酸检测其实是两码事,病毒是由里面的核酸和外面的蛋白质外壳两部分组成。病毒个头很小,新冠病毒只有100纳米左右,大概是头发丝直径的六百分之一,所以我们很难直接检测活病毒,这个过程需要用到电子显微镜,还有他复杂的处理方式。

因此更多的是使用核酸检测,现在已经有了很成熟的核酸检测方法,比如RT-PCR技术。样本中的病毒核酸其实是很少的,RT-PCR的目的是将微量的特定核酸片段进行大幅扩增。PCR实际上就是不断循环扩增核酸片段的过程,达到阈值所需要的循环(cycle)越少,说明样本中特定核酸的含量越高。


这次检测结果如何?

在这次的RT-PCR技术中,研究人员使用的检测标签有五个,分别是IP2、IP4、包膜蛋白基因片段(Envelope protein gene, E)和核蛋白基因片段(Nucleoprotein,N1和N2)。


在巴塞罗那9个污水样本中,在2019-03-12的样本中检测到IP2和IP4两个核酸片段的存在。




这次是否检测到了新冠病毒?

实际上,很难说有检测到。在这篇论文下面有一段同行评议,我复制上来。

The authors do not detect SARS-CoV-2 in samples from 2019 March. Rather, they do detect IP2/IP4 resembling SARS-CoV-2. Whatever virus it is it does not have the E and N1/N2 of SARS-CoV-2. Fluctuations in qRT-PCRs even in 2020 samples -different sewers- are way too high to trust the reliability of the RT-PCRs. However, their approach is amazing. I hope they use a metagenomic approach to sequence to sewers rather than doing an RT-PCR assay, which doesn't look very rigorous.

(作者没有在2019年3月的样本中检测到新冠病毒。相反,他们检测到类似新冠病毒的IP2/IP4。无论这是什么病毒,它都没有新冠病毒的E和N1/N2。即使在2020年的样本(不同的下水道)中, qRT-PCR的波动也太大,无法信任RT-PCR的可靠性。然而,他们的方法是惊人的。我希望他们用一种宏基因组方法来对下水道进行测序,而不是做一种看起来不太严格的RT-PCR分析)


新冠病毒和其他冠状病毒(例如SARS病毒)在核酸序列上是有类似的地方,只检测到两个碎片是无法判断样本中含有新冠病毒,正如我们不能因为看到一个人是黄皮肤黑头发就认定他是中国人,因为他也可能是日本人。


再退一步说,即便只是IP2和IP4,无论按照中国还是美国疾控中心的标准,这个检测结果其实都算是阴性的,中美疾控中心关于RT-PCR对新冠病毒的核酸检测,阳性定义是在扩增40个循环内达到阳性(如果是学术研究的话,需要35或者30个循环内达标才算阳性)。


因此在专业人士对于本项研究的看法中,质疑声音更多。其他的质疑还有缺乏阴性对照等,但主要是上面这些问题。


这和之前哈佛用百度数据研究武汉疫情爆发时间的论文如出一辙。认定新冠病毒在2019年3月就出现(在无论哪个国家),这将是一个非常巨大的发现。如果这是正确的,将会深远地改变我们对于病毒起源的认识,我们目前对于病毒流行病学、防治策略也可能做出很多改变。


然而从这个研究的方法来看,它是存在诸多问题的。


user avatar   jackey10 网友的相关建议: 
      

如果这项研究得到承认,将打破有关该病毒起源于中国的公认时间表。

后续如证实从去年3月巴塞罗那污水中发现的就是COVID-19病毒片段,那会是目前发现已知最早的新型冠状病毒。

怎么证实?当然是第三方机构重复实验了,问题是研究团队已经无法重复2019年3月的阳性样品了,因为第一次检测就把样本耗完了,这就很被动了。虽然团队认为以他们严谨的实验设计,样本被污染是不可能的,但无法找到重复的方案很可能结果就无法证实。

证实这一发现的另一种方法是,从2019年3月在巴塞罗那医院的患者那里搜集保存的血液样本检测。如果病毒在西班牙传播,甚至短暂传播,那么有些人很可能会因流感样症状而住院样本被保存下来,但这样的研究在绝大多数国家都是不被允许的,这涉及到未获得患者知情同意和伦理问题。




巴塞罗那大学表示这研究已在medRxiv上预印且已“投稿至影响力很高的期刊”。

在这项研究中,研究人员正在检查巴塞罗那两个大型污水处理厂的样本,以检测该城市中病毒的演变。

在巴塞罗那大学研究公布之前,意大利国立卫生研究院在意北部城市去年12月收集的废水样本中检测到新冠病毒,比该国首例新冠肺炎本土病例确诊时间提前两个多月。现在全世界正在研究废水中的COVID-19。

巴塞罗那的研究人员从4月13日至5月25日的每周样本开始分析,并研究了今年早些时候的冷冻档案样本。

分析最早于1月15日-在巴塞罗那确认首例官方病例之前41天,在巴塞罗那污水中检测到了新冠状病毒。

这触发了研究人员进一步研究,他们测试了2018年1月至2019年12月的冷冻样品。所有样品均针对SARS-CoV-2基因组存在阴性,但2019年3月12日除外,在SARS-CoV-2基因水平较低但呈阳性的情况下。

由于大多数COVID-19病例表现出与流感相似的症状,因此这些病例可能被伪装成流感。






user avatar   davidtsang 网友的相关建议: 
      

中国的遭遇就是吹哨人的待遇。不管最终结果如何,新冠病毒已经撕裂了人类社会。让我们看到所谓的和平和信任,对地球人是多么的脆弱和靠不住。战后七十年没有发生全球性的战争,实属幸运而已。我看就是核武器现在都不能保证三战不会来临。中印因为高原无人荒漠大打出手,让人感到我们人类确实是非常好战和非常喜欢猜忌的一种生物。


user avatar   mu-mo-17-12 网友的相关建议: 
      

1.考虑到新冠疫情 对世界的巨大影响,西班牙这个研究的发布,就不只是学术层面,背后更有着政治影响,所以,样本污染(甚至造假)的可能性微乎其微,尽管这个研究还没有经过同行评审,但是可靠性应该很强;

2.废水监测已经是疫情监控和追踪的重要手段,从监控层面来看,这里有一个大前提——患者感染新冠病毒后3天内,其粪便中即可检出病毒——3天的发现时间,比普遍出现症状的7天时间窗口更短,对疫情防控而言,可以部分地消除“感染—症状—检测确诊治疗”的滞后性,同时为公共卫生部门的决策提供帮助,比如提早采取隔离、封锁措施。

在荷兰阿默斯福特,该国KWR水资源研究所的科学家在当地报告首例病患前,就从废水检测出了新冠病毒的RNA。荷兰通过临床手段确认该国首例新冠肺炎患者后4天,该国公共卫生与环境研究所的科学家就在阿姆斯特丹史基浦机场的废水中找到了病毒踪迹。除了荷兰,美国、瑞典等国也在废水中发现了新冠病毒的踪迹。[1]

从追溯层面来看,就是本题。这次发现,是将同样西班牙检测出新冠病毒踪迹的废水样本的“1月15日”、意大利样本的“2019年12月”彻底前推,很“遥远”地推到了去年3月份!这个结果足够令人目瞪口呆。

3.当初意大利公布消息时,说的是“有可能新冠病毒在去年12月份已在意大利北部传播,而当时并没人意识到”,西班牙研究的表述有同样的内涵,“这一研究结果表明世界其他地区很可能也发生了类似情况,但许多病例或因被误诊为流感病例而被掩盖”。新冠是一种新型疾病,从未有过,在初期被误诊且被当作普通疾病忽视的可能性相当高。所以,在先出现的地区和国家,很可能就是“只要我不检测就没有感染”的先行版本——“未重视未研究我就没有”,在这种应对路径之下,对于公共卫生管理的疏漏和流行疾病防控上的短板,反倒成了他们避免成为“新冠首发地”和“政治受气包”的庇护伞,简直讽刺而可笑。

4.科学求证当然要审慎,但是舆论战绝对不能只求一板一眼,何况是,远方千里送人头。既然有瓜,就往死里吃,吃出味道,吃出态度,吃出气势,0202年了,我们不能总是输在声音上。

参考

  1. ^追踪废水辨识新冠病毒 http://news.sciencenet.cn/htmlnews/2020/4/437997.shtm?id=437997

user avatar   adam077 网友的相关建议: 
      

【干货预警】

1.询问自己的真心。不要委曲求全。

尤其是对于首次谈恋爱的女孩子,首先就是要询问自己的真心。考虑清楚自己是不是真的喜欢他,再决定要不要同意。这样才是最好地不耽误双方的时间和精力的方法。鸡肋鸡肋食之无味弃之可惜的爱情,宁可不要。还有就是恋爱之后的女生其实很容易心软,发现了双方不合适,也会因为种种原因而着继续在一起,而不是果断决绝。这种斩不断理还乱的关系对于女孩子的恋爱(尤其是第一次恋爱)来说,既浪费时间,也少有成长。所以,确定他是你倾心的人,然后在一起,不管最终结果怎样,那都是青春里最美好的时光。

2.独立,有自己的生活。

我始终认为独立的女孩最有魅力。男生不是靠追,而是靠吸引。恋爱前如此,恋爱后也如此。有自己的生活,有自己的兴趣爱好,不必要随时缠着对方,黏着对方。想对方的时候打个电话,一起出来吃个饭,一起看个电影;如果对方在忙碌,那也不必特别“作”地缠着他,可以表达思念之情,但是不要过多打扰。掌握一个度,尤为重要。

我对待我男朋友就是,他忙的时候我就少打扰,给他独立的空间。(我不去找他的时候。他反而还经常委屈巴巴撒娇地问我为什么半天不找他,会说他好想我。嘻嘻(♡˙︶˙♡)

3.懂得双向付出,而不是一味地索求。

现在社会,一些女孩习惯性地向男孩索求。从吃饭的埋单到钻戒包包,理所当然地觉得男孩就是要付出时间金钱和精力。这是不对的。毕竟没有人理所当然地应该为另一个人付出,这个价值观你要先摆正。男生可以把你宠成一个小公主,那是他做了他觉得应该做的事情,那是他作为男人的修养。但你不能要求他把你宠上天,这是你的教养。这样的话,日久天长,相信男生会更愿意对你付出,把你当做一个可以共度余生的妻子,而非短暂欢愉的“女朋友”。

如果他请你吃了晚饭,那么电影票的钱是不是就自觉点出了呢。他送你礼物,你也要有回礼的心……相信聪明的女孩应该懂了。

4.偶尔一点女孩的精致小心思

虽然我前面强调了女孩的独立与自重,但是一些女孩的精致小心思还是必不可少。给他一些惊喜,创造新鲜感是必不可少的。

我当时给男朋友送礼物,是送的一本我们的回忆和照片做成的书。

比如下面这种。

男朋友也经常会给我一些惊喜,他认为仪式感是必不可少的。所以他经常会主动要求买情侣装,情侣手链。我们戴过很多情侣手链,比如小狮子手链(他黑的我白的哈哈哈)。

女孩子要有女孩子该有的浪漫。

男生喜欢独特的 能给他带来新鲜感的女孩。


5.肯定对方的价值的同时也不否定自己的价值

先说说肯定对方的价值。男生是需要被肯定的。男生天生享受被仰慕的感觉。所以经常夸一下你的另一半只会让你们的感情升温。

再说说不要否定自己的价值。谈恋爱忌讳把自己想得一文不值。那样的话很容易被心术不正的男孩PUA。被人卖了还帮人数钱。

如果你觉得现在自己的价值还不够,那就努力提升自己,去创造价值。

记住,女人有自己的价值,从来都不是男人的附属品。


user avatar   mei-wen-ti-de-ren-96 网友的相关建议: 
      

【干货预警】

1.询问自己的真心。不要委曲求全。

尤其是对于首次谈恋爱的女孩子,首先就是要询问自己的真心。考虑清楚自己是不是真的喜欢他,再决定要不要同意。这样才是最好地不耽误双方的时间和精力的方法。鸡肋鸡肋食之无味弃之可惜的爱情,宁可不要。还有就是恋爱之后的女生其实很容易心软,发现了双方不合适,也会因为种种原因而着继续在一起,而不是果断决绝。这种斩不断理还乱的关系对于女孩子的恋爱(尤其是第一次恋爱)来说,既浪费时间,也少有成长。所以,确定他是你倾心的人,然后在一起,不管最终结果怎样,那都是青春里最美好的时光。

2.独立,有自己的生活。

我始终认为独立的女孩最有魅力。男生不是靠追,而是靠吸引。恋爱前如此,恋爱后也如此。有自己的生活,有自己的兴趣爱好,不必要随时缠着对方,黏着对方。想对方的时候打个电话,一起出来吃个饭,一起看个电影;如果对方在忙碌,那也不必特别“作”地缠着他,可以表达思念之情,但是不要过多打扰。掌握一个度,尤为重要。

我对待我男朋友就是,他忙的时候我就少打扰,给他独立的空间。(我不去找他的时候。他反而还经常委屈巴巴撒娇地问我为什么半天不找他,会说他好想我。嘻嘻(♡˙︶˙♡)

3.懂得双向付出,而不是一味地索求。

现在社会,一些女孩习惯性地向男孩索求。从吃饭的埋单到钻戒包包,理所当然地觉得男孩就是要付出时间金钱和精力。这是不对的。毕竟没有人理所当然地应该为另一个人付出,这个价值观你要先摆正。男生可以把你宠成一个小公主,那是他做了他觉得应该做的事情,那是他作为男人的修养。但你不能要求他把你宠上天,这是你的教养。这样的话,日久天长,相信男生会更愿意对你付出,把你当做一个可以共度余生的妻子,而非短暂欢愉的“女朋友”。

如果他请你吃了晚饭,那么电影票的钱是不是就自觉点出了呢。他送你礼物,你也要有回礼的心……相信聪明的女孩应该懂了。

4.偶尔一点女孩的精致小心思

虽然我前面强调了女孩的独立与自重,但是一些女孩的精致小心思还是必不可少。给他一些惊喜,创造新鲜感是必不可少的。

我当时给男朋友送礼物,是送的一本我们的回忆和照片做成的书。

比如下面这种。

男朋友也经常会给我一些惊喜,他认为仪式感是必不可少的。所以他经常会主动要求买情侣装,情侣手链。我们戴过很多情侣手链,比如小狮子手链(他黑的我白的哈哈哈)。

女孩子要有女孩子该有的浪漫。

男生喜欢独特的 能给他带来新鲜感的女孩。


5.肯定对方的价值的同时也不否定自己的价值

先说说肯定对方的价值。男生是需要被肯定的。男生天生享受被仰慕的感觉。所以经常夸一下你的另一半只会让你们的感情升温。

再说说不要否定自己的价值。谈恋爱忌讳把自己想得一文不值。那样的话很容易被心术不正的男孩PUA。被人卖了还帮人数钱。

如果你觉得现在自己的价值还不够,那就努力提升自己,去创造价值。

记住,女人有自己的价值,从来都不是男人的附属品。




  

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