研究生论文分子动力学模拟实验有必要组装一个小型工作站么？租用用云服务可以吗? 第1页

最好还是去超算中心买机时，当然还是要看预算和需求。

MD模拟肯定最好是在集群上跑，反正专门做MD模拟的课题组要么是自己有专门的服务器，要么在超算中心租的资源，因为通常不会只跑一个任务，都是同时跑好几个，而且有的时候一个任务就在同时跑好几条轨迹，那这种情况肯定是得在集群上跑。

但是如果你们组不是专门做MD模拟的，估计自己没有专们的计算资源，那种情况最佳方案肯定跟老板说让他给你在超算上买机时，因为这样最划算。如果自己买工作组的话，首先本身高性能的计算工作站并不便宜（我目前正在用的一台价值四万人民币左右，双至强银牌+双P4000），而且无论你用CPU还是GPU一般也就同时能跑两条轨迹，而且如果资源占满了你还没法用这台机子干其他事情了。

云的话完全不推荐，原因就是太贵了，除非你们完全不差钱。反正我用过的云资源，同样的机时比一般的超算贵好几倍。云的最大好处就是使用方便，很多专门做这个的软件不但都给你配置好了，而且通过网页就能直接交任务，小白都能用。有些服务好的还能根据你的需求从建模、模拟到后面分析的软件帮你安装好，甚至还能手把手教你怎么用。云服务适合于企业，因为对于企业不可能只跑MD，还需要与其他部门进行对接，而其他部门的人别说MD了估计Linux都不会用，那样对接的效率太低。而云服务能帮他们把上下游的交接工作都给穿起来，所以云服务适用于企业，但是对于专门做MD的来说性价比太低了。

超算的话服务肯定没云服务那么好，最多就有些已经安装好的软件，很多时候软件还是得自己装。而且交任务和设参数还需要在Linux上写相应的脚本，对于完全的小白来说非常不友好。但是既然你都是要做MD相关的研究，那使用linux以及安装软件什么的应该是必备技能。因为毕竟对于做MD的研究来说，跑模拟只是最基本的一步，体系的预处理和轨迹的分析才是研究的重点，这些基本上都得在Linux上进行，越早熟悉越好。

所以最佳方案是买超算机时跑MD，本地买个好一点儿的台式机用于做预处理和轨迹分析就行，不用买工作站在本地跑。当然土豪请随意。