二者的不同在于语气强硬程度不同。(另外一个答主给出来的例句很齐全,包含了各种语气,但是我对其subjunctive perfect的理解有异议,所以结合英德翻译补充一下)
主句用subjunctive present,表命令(Iussiv)或者愿望(optativ),比如
Ne repugnetis! 英:You should not resist. /德:Ihr sollt euch nicht widersetzen./Hoffentlich widersetzt ihr euch nicht.
(这里面德语的第二种翻译有hoffentlich这个很明显的表愿望的副词)
而拉丁语里面的祈使句,就相当于主句用subjunktive perfect,表(强制)命令(Prohibitiv),比如
Ne repugnaveritis! /Nolite repugnare!英:Don't resist!/德:Widersetzt euch nicht!
由上可见,后者也就是祈使句的语气显然更强烈更不可置疑。