法国首次发现新冠病毒核酸无法检测，会对疫情有什么影响？ 第1页

法国变异体并没有逃过核酸检测。

一

关于这个问题，有两个基础知识点大家可以先了解一下。

第一，我们用什么方式检测新冠病毒，第二，我们取什么样的标本检测新冠病毒。

先说第一个知识点，病毒检测和核酸检测其实是两码事。

病毒是由里面的核酸和外面的蛋白质外壳两部分组成。病毒的个头很小，新冠病毒只有100纳米左右，大概是头发丝直径的六百分之一，所以我们很难直接检测活病毒，这个过程需要用到电子显微镜，还有其他复杂的处理方式。

因此更多的是使用核酸检测，现在已经有了很成熟的核酸检测方法，比如RT-PCR技术。样本中的病毒核酸其实是很少的，RT-PCR的目的是将微量的特定核酸片段进行大幅扩增。PCR实际上就是不断循环扩增核酸片段的过程，达到阈值所需要的循环（cycle）越少，说明样本中特定核酸的含量越高。

第二个知识点，我们去什么标本检测？

我们现在采样的标本，包括鼻咽拭子、口咽拭子、肛拭子、深部痰以及肺泡灌洗液等。一个好的标本，应当容易采样同时病毒载量（viral load）比较高。

但实际上，很难有样本能完美符合这个要求。从取样难度来说，深部痰和肺泡灌洗液远远难于鼻咽/口咽拭子，但检测准确度较高。而鼻咽拭子和口咽拭子，大多数人往往更愿意选择后者，因为鼻咽拭子检测起来比口咽拭子难受多了。

之前国内的研究人员对213名新冠肺炎住院患者进行口咽拭子（oropharyngeal, OP）和鼻咽拭子（nasopharyngeal, NP）的测试，鼻咽拭子的阳性检出率明显高于口咽拭子[1]。

【Xiong, W. A. , Li, T. B. , Xu, W. A. , Wl, A. , Yl, A. , & Lc, A. , et al. (2020). Comparison of nasopharyngeal and oropharyngeal swabs for sars-cov-2 detection in 353 patients received tests with both specimens simultaneously - sciencedirect. International Journal of Infectious Diseases, 94, 107-109. 】

所以即便对已经确诊住院的患者而言，鼻咽拭子和口咽拭子的核酸检测仍然会有假阴性的结果出现。

另外还有一点，在人体感染新冠病毒后的不同时间，不同样本中能检测到的概率是一直变化的。这是发表在JAMA上的一篇论文[2]，竖着的虚线是出现症状的时间，红色实线是可以从呼吸道分离出病毒的概率，蓝色实线是鼻咽拭子检测到的概率，粉色实线是肺泡灌洗液和深部痰检测到的概率。

从图中可见，深部呼吸道样本（肺泡灌洗液和深部痰）持续阳性的时间比鼻咽拭子更长。

二

说完采样的问题，我们再来看看法国的情况。

根据法国卫生部公布的信息，病毒变异导致核酸检测失效的可能基本排除了。

很多中文媒体报道的都是#法国发现变异病毒能逃避核酸检测#，然而，这并不是事实的真相。

很简单的一点，如果病毒逃避了核酸检测，那我们怎么知道患者是感染了新冠？

实际上，法国这8名患者的鼻咽拭子核酸检测是阴性的，但是深部呼吸道样本的核酸检测是阳性的。

这就说明一点，法国变异体并没有出现逃逸核酸检测的能力。实际上目前新冠病毒核酸检测试剂盒都是以ORF1a/b为最主要目标基因（一些厂商会再加上N、E或S基因），而ORF1a/b基因为RNA依赖的RNA聚合酶（RdRp）基因所在区域，编码RNA聚合酶，负责病毒核酸复制——这是一个相对保守的区域[3]。

所以如果新冠病毒突变到目前逃逸试剂盒检测，目前来看概率还是非常低的。

而鼻咽拭子测试阴性、深部呼吸道样本测试阳性，这种情况也并不少见。一些病毒的变异会加重这种现象，比如病毒载量低、在上呼吸道停留时间短等，都有可能导致鼻咽拭子测试阴性。

根据法国卫生部的公告[4]，这次的变异体是来源于Clade20C病毒株，现在的初步分析不能表明新变异体具有更高的传染性或者更强的致病能力。法国已将该变异体列入了监测名单，但没有列入「值得担忧的变异体类型」，后者目前只有英国变异体（B.1.1.7）、南非变异体（B.1.351）和巴西变异体（P.1）等少数几种。

因此，大家没有必要对病毒变异体过于担心，我们在过去的一年中，已经发现了接近三万个突变，绝大多数突变是没有实际意义的，只有几十个突变会改变病毒的传播能力或致病能力。

而即便是这样的突变，我们目前的防控措施仍然是有效的。就像英国和南非，虽然大多数毒株都已经是变异体了，而且南非变异体还具有免疫逃逸特性。但是通过疫苗接种和有效的社会防控，目前每日新增患者数量已经大幅下降了。

所以，对于我们国家而言，目前要做的，一是持续做好病毒株测序工作，及时发现新的变异体，二是加快疫苗接种速度，个人也要做好防控措施。无论是否接种了疫苗，戴口罩、勤洗手、保持社交距离这些动作，一定不能松懈。

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参考资料：

[1] Xiong, W. A. , Li, T. B. , Xu, W. A. , Wl, A. , Yl, A. , & Lc, A. , et al. (2020). Comparison of nasopharyngeal and oropharyngeal swabs for sars-cov-2 detection in 353 patients received tests with both specimens simultaneously - sciencedirect. International Journal of Infectious Diseases, 94, 107-109.

[2] Sethuraman, N., Jeremiah, S. S., & Ryo, A. (2020). Interpreting diagnostic tests for SARS-CoV-2. Jama, 323(22), 2249-2251.

[3] Kubina, R., & Dziedzic, A. (2020). Molecular and serological tests for COVID-19 a comparative review of SARS-CoV-2 coronavirus laboratory and point-of-care diagnostics. Diagnostics, 10(6), 434.

[4] À la suite de l'identification par séquençage, en Bretagne, d'un nouveau variant (dérivé du Clade 20C), les autorités sanitaires mettent en place les mesures de surveillance et d'accompagnement nécessaires – Ministère des Solidarités et de la Santé

原文发表于腾讯较真

更新一下：

Eight of 79 Covid-19 patients turned out to be carriers of the new variant, nicknamed “le variant breton.” Initially they tested negative with gold-standard PCR tests, despite presenting with typical symptoms of Covid-19. But later, coronavirus infection was confirmed with analysis of blood samples and tissue in the respiratory system. All 8 patients have since died.

按着福布斯的这个报道来看，呼吸系统深处样本和血液样本都是阳性，应该对应的是肺泡灌洗液核酸检测阳性和抗体阳性。所以鼻咽拭子是采样没采到点，这种情况在临床上不少。鼻咽拭子测不出来的还是有不少的。

同时这个病毒家族来自20C家族，我们需要关注的一点是，这个病毒是否会因为突变，造成感染部位更多的存在于下呼吸道，鼻咽部位的病毒载量降低使得常规核酸检测变得更加困难。而且这8名感染者后续全部死亡，可能也要考虑毒性是否有变化。

好家伙，又是一个集体邀请的问题。

你们这几个人天天盼着人类灭亡是什么心态啊。

关于核酸检测不到，无外乎有2个可能：

第一，采样拭子没有采集到病毒：这个以前我们反复的提起过，新冠病毒因为其特性以及与不同个体相关的一些特点，经常造成鼻拭子，咽拭子甚至肛拭子都检测不到病毒。而且因为窗口期的问题，还涉及到时间段的情况，临床上也出现过10到20几天多次检测都是阴性的病例。甚至有部分患者从发病到痊愈全程阴性。但是抗体检测能测出阳性来。有时候可能需要采用肺泡灌洗液等更复杂的措施才能检测到病毒。所以一直我们说核酸检测是存在准确率的问题。

第二，病毒变异了：我们目前关注的病毒突变方向大概有几类：

1. 传播能力增加；
2. 致死能力增强；
3. 逃脱康复者血浆抗体；
4. 逃脱疫苗抗体；
5. 逃脱现有检测。

逃脱现有检测的变异大概率都会存在的，这里边存在一个人工筛选的问题，比如上个月的18号，芬兰研究人员就发现了一种新的变异新冠病毒，核酸检测可能对其失效。

那么是什么原因造成了核酸检测试剂的失效呢？

这很可能是由于病毒突变造成的。想解释清楚这个，首先得了解下核酸检测的原理。

我们知道新冠病毒是由RNA和蛋白质构成的，而核酸检测就是检测目标样本中是否存在新冠病毒的RNA的特定片段。

新冠病毒大概有3万个基因序列，其中主要有想S,N，E，M4个大的蛋白序列，以及Orf1a,Orf1ab两个开放阅读框构成。那我们检测一个样本中是否含有新冠病毒，就可以挑选这些序列中一些不容易突变的，同时有具有新冠病毒独特特征的位点来进行检测。只要检测到有这些带有新冠病毒特征的RNA片段，我们就认为这个样本里含有新冠病毒，这也是我以前提到的PCR检测不管死活，只看有没有尸体碎片的原因。

这是WHO给的关于新冠病毒PCR检测区域的推荐^[1]，其中用的是最早在武汉发现的毒株序列做的对比，用第26141-26253位置的E蛋白序列作为第一检出验证，然后用orf1ab阅读框中的15361-15460长度片段的RdRp酶作为第二检出验证，同时用N蛋白的28555-28682长度片段作为第三检出验证。

概括下来就是WHO给的方法里用新冠病毒的3个特征作为核酸检测的目标来验证样本中是否含有新冠病毒的特定片段，如果3个全有那肯定是阳性结果，如果只有1-2个有，检测结果可能弱阳性，需要再次复查验证。

当然这只是WHO给的一个推荐检测目标，不同公司开发的试剂考虑到成本和灵敏度的问题，都有一些调整，我还看过有一些实验室开发的核酸检测试剂里是检测S蛋白基因片段或者其他基因片段的。

所以结合上边的信息，如果病毒刚好在核酸检测试剂的检测区域出现了大的突变，可能就会导致核酸检测失效。

但这也并不是什么无解的问题，解决方案很多，比如改变这3个检测位点，或者增加第四个或者第五个检测位点，这在实验室也就是几天的工作量就能完成，同时配合血清抗体检测以及肺部CT筛查等方法。至于担心漏检的，其实说白了现在单一核酸检测就存在漏检的可能，这种突变短时间来看影响有限，及时更新试剂盒即可，没有必要恐慌。

参考

1. ^ https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf