首先,京杭大运河的功能并不只是连接杭州和北京(涿州,幽州,燕京?无所谓了)就可以了,他的作用是连接北京到杭州之间所有的主要城市,在这些城市都要设置港口,用以方便输入输出资源以及漕船上岸修正补给,所以运河必须要具备一些必要的条件:1,具有固定的河道;2,水文安全,尽可能的接近人口最密集的地区,甚至穿城而过,即缩短了陆运长度,也方便组织人力疏通运河淤堵;3,要有硬滩,方便设置港口.
而太湖,高邮湖,洪泽湖.........汛期湖面变大,旱期湖面变小,古代城区是不可能设置在湖岸边的,因为湖岸线不固定也不知道要把港口设置在哪,所以湖看似是天然的水运路线,但是无法提供可靠可控的水运路线,湖岸边因为汛期水面的侵蚀也多是软滩,不具备设置港口的条件,长江和黄河也几乎都是周期性的洪水,也是不适合古代大规模水运的,最多只能借助一段河道固定的区域,比如长江上游,以及洛阳到关中的一段,这些河段的特点都是河道两岸都是山,河道固定.
所以,我认为古代漕运这种关系到国家命脉的运输,首先要考虑的是整个运河要安全可靠可控,而问题中所举的几个例子都不具备这种要求.