我在另一个回答里讲过这两者在性质和职能上的区别:
从性质上讲,军统是军事情报机关,但也是实质上的对外情报机关,主要对外。
中统从本质上讲则是反间谍机关和政治保卫机关,主要对内。
因此,军统的主要工作对象是日伪,而中统的主要工作对象是国内反对势力。
但由于当时的特殊政治情况,这两者在职能上出现了相互交叉----军统也负责对内保防,中统也负责敌后工作。
但总的来讲,还是军统对外,中统对内。
而那些间谍剧的主题基本上都是国内斗争的,所以按理说应该以中统为主角的多一些。
但实际上却是军统为主角的居多。
这是一种文化现象,毕竟军统更出名一些,编剧也自然更倾向于以军统为主角。至于史实如何,与艺术关系不大。
同样的情况也出现在描写二战时纳粹德国的影视剧中。
基本上所有涉及纳粹德国反间谍工作的影视剧中的主角都是盖世太保:
而实际上当时德国的军事情报机关阿勃韦尔一样从事反间谍工作,而且不只涵盖军队内部,而是对整个德国和占领区的平民社会也进行反间谍工作,比如发生在荷兰的著名的反间谍行动“北极行动”就是由阿勃韦尔实施的:
从纳粹德国的反间谍工作来讲,阿勃韦尔和盖世太保不相上下。
然而,描写盖世太保的影视剧要远远多于描写阿勃韦尔的,显然是因为盖世太保的名气更大一些: