生物学的亲缘关系主要取决于遗传信息。
如果所谓“魂穿”只影响了身体的神经系统或 talin 蛋白之类机械计算而不改变生殖细胞记录的遗传信息,那么在生物学上产生的后代理所当然是身体的后代。不过,所谓“灵魂”若是不再离开这个身体,灵魂完全可以认为这就是自己的身体,并没有另一位“原身体的所有者”能来和他争夺什么。你可以设定这是灵魂融合之类不存在连续性分断的事件。
如果“魂穿”后的世界允许“灵魂”通过现实中没有的“灵的事件”影响生殖细胞记录的遗传信息,那么在生物学上产生的就是“灵魂和身体的共同后代”,这对女方也成立。在这种场合有复数个父亲、复数个母亲什么的都不稀奇,你可以考虑“被鬼附体并修改了配子 DNA 的人”和“被 HIV 感染并修改了配子 DNA 的人”的相似之处,根据“灵魂”在那世界的具体设定,这可以视为杂交或者水平基因转移。
法治社会中的亲缘关系可以在生物学基础上追加法律承认的养子女等关系。在知道灵魂存在、知道灵魂能附体并操控他人的法治社会里,“不可解除的覆盖式魂穿”可能被视为杀人罪或过失杀人罪,若主角不去自首、日后被发现,他可能身陷囹圄,孩子在法律上也可能不算他的。
如果社会认为灵魂是人的本体,孩子的灵魂是某种神或魔鬼创造的,那么有没有这所谓“魂穿”都不影响“孩子的身体是生物学父母的身体的后代,孩子的灵魂则是神或魔鬼创造的”。这个场合,身体是谁的后代并没有那么重要。
如果社会认为灵魂是人的本体,孩子的灵魂是父母的灵魂创造的,那么穿越者灵魂的后代的灵魂是这穿越者灵魂的后代,这孩子的身体则是其生物学父母的身体的后代。
如果社会认为灵魂是人的本体,孩子的灵魂是父母的肉体创造的,那么这和遗传物质的讨论是一样的:要看穿越者的灵魂能影响肉体到什么程度。
如果社会认为肉体是人的本体,灵魂只是旁观者抑或灵魂根本不存在,那灵魂相关的事都不重要。
现实而言,并没发现什么灵魂。