按时期,关系在变化,有时类似于董卓与皇帝,有时类似于曹操与皇帝,有时类似于佛朗哥和西班牙皇帝。
大和王权时代之后,氏族发展壮大,这一时期出现行政家族强权,最早是苏我氏专权,类似于中国的宰相专权,但是宰相权力之大可行废立。随后进入藤原氏专权,同样是氏族政治,类似于东晋的王谢家族。
平安时代,日本引进律令制,建立中央官政体系,逐步使得中央与地方权利分离。随着源氏与平氏臣籍降下,武士阶层开始出现。
随着平安末期混乱,平氏逐步取得权力,开始平氏专权。在中央,平氏依靠中央官制的最高权臣,太政大臣、左大臣等,又垄断朝廷参议的方式合理化权利,在地方兼任令制国知行的方式控制地方。由于与皇室矛盾摩擦不断,最终被推翻。平氏没有开幕,平氏掌握政权的方式,就是甲做太政大臣,乙做左大臣,丙做内大臣,丁做权大纳言……,中央实权官位都是我们家的,那我们就专权了,家族上都是平氏一族,法理上都在天皇治下的内阁共事。
在平氏专权之前,武家官职是专门的,如右近卫少将,门左卫门,左马头等,平氏专权之后,打开了武家在公家的职位通道,武家人可以任左右大臣,大中纳言,太政大臣,在地方上可以兼大宰大贰等职务。但是仍是在中央官制之内。
源赖朝专权后的,濑朝选择了开幕,这是日本幕府的开端,即开府立派,自行设置官职。同时讨要了一个历史上的临时职位,征夷大将军,作为武家最高统治者,源氏长者才可以任征夷大将军。这就是第一个幕府,镰仓幕府。镰仓幕府的统治基础是御家人制度,有点类似于认干爹,源氏专权时,河內源氏长者几乎是单传,家丁不旺,通过御家人制度,将各地豪强联系到自己名下,是唯一的选择。后来源氏绝嗣,源氏外戚北条家专权,但非源氏长者无法担任征夷大将军,北条家以"执权"的名义专权,征夷大将军往往由京都的亲王虚名担任。幕府是全国最大的地主和武士阶层的家长。
由于政权法理性不足,北条家受到挑战,最终覆灭,足利庄出身的足利氏,从氏族上,足利氏是河內源氏正流,被推举为源氏长者,兼任征夷大将军,在室町开幕,这就是第二个幕府,室町幕府。
室町幕府的统治方式结合了平氏政权和镰仓幕府,将军经常兼任高级公家职务,右大臣,内大臣,左大臣,甚至太政大臣。武家人大量充任公家职务,在地方上设立守护代,管领,探题等专权,在各令制国延续原有豪族,设立地头,同时兼任太守。由于室町幕府介入公家政治,影响皇室,最终引致南北朝,足利氏被打上朝敌标签,威信受影响,整个室町时期,政变频繁,最终群雄割据,进入战国时代。
战国时代,大部分地方大名只是在地方上做大,当时以室町幕府最有权势的四个家族实现了专权,随后源氏正流们,如今川氏,甲斐武田氏争取上洛,求源氏长者地位。最终获得成功的是平氏后人织田信长,由于不是源氏后人,织田信长拒绝了征夷大将军职位,后来也拒绝了中央官制,事实上织田信长是开幕的,幕臣即家臣,织田信长无视战国贵族规则,攻略四方,将夺来的土地分封给家臣,甲斐武田家等一众名门被灭族,最终覆灭。从行事风格上,平清盛和织田信长是日本历史上唯二的有机会废君自立的人物。
丰臣秀吉在织田信长之后,取得政权主导,丰臣秀吉意图认足利义昭为义父失败,无法成为源氏长者,因此在中央官制上学习平氏政权,丰臣秀吉就认太政大臣,随后任关白,最后退任太阁,离开朝廷职务,专心开幕。由于丰臣秀吉与诸地方豪强和解,因此由丰臣家直辖的土地(太阁藏入地)仅占全国土地的三分之一,秀吉开幕的方式也是自设官职,当然不称幕府,将各地最有力的五个大名,设为自家五大老,将家臣设为奉行众,武家集团在中央兼任公家官职,从内大臣到中纳言,是五大老,奉行众则是六部卿和少辅,公家最高权力则是丰臣秀次。在地方上丰臣政权控制力不足,各地旧豪族依然存在,最终丰臣家被德川家覆灭。
德川家康求得源氏长者地位,就任征夷大将军,正式开幕,这就是日本第三个幕府,江户幕府。江户时代,幕府对地方大名采取了更严格的控制措施,地方豪族也无法在中央任高级官职,公家职位在德川氏控制的部分除外,也给旧公家保留了一些,缓和了与京都贵族的矛盾,公武两家分的也比较清晰,德川家就是武家栋梁,这也为后来尊皇派质疑幕府正当性提供了基础。德川正流的水户德川家发展出的黄门儒学激发了尊皇思想,最终水户家出身的德川庆喜就任将军,日本维新时,德川庆喜被敕为朝敌,寄于乱臣贼子之名的德川庆喜精神上无法接受,迅速大政奉还,结束了江户幕府。