回答问题:工业界+蛋白质领域,Alphafold2的trunk部分用的就是transformer。同时facebook的MSA transformer在无监督提取蛋白质接触图谱上有了大的突破。
问题之外:我觉得大家不要过分只关注transformer,transformer只是一种特殊形式的GNN。在图神经网络上有更大的空间。Relational inductive biases, deep learning, and graph networks