谢邀,这其实和印尼的宗教和政治结构有很大关系。印度尼西亚群岛自7世纪起即为重要贸易地区,古代王国曾与中国和印度进行贸易。印度尼西亚当地统治者逐步吸收外国文化、宗教和政治型态,曾出现兴盛的佛教和印度教王国。外国势力因天然资源而进入印度尼西亚,穆斯林商人带入伊斯兰教,欧洲势力则带来了基督教。在350年的荷兰殖民统治结束后,印度尼在二战后宣布独立,但独立后仍面临天灾、贪污、分离主义、民主化进程、经济上剧变等挑战。
另外就是印尼岛屿遍布,印尼有数百个不同文化语言的民族。再者就是穆斯林占多数人口,通知管理起来比较困难。