首先,孔子的话主要是对知识分子才有作用,而民间的大多数都是文盲愚民,怪力乱神在民间有土壤这很正常。
其次,中国的统治阶级确实很早就跳出了怪力乱神的影响,要知道欧洲人是在文艺复兴之后才摆脱教会的影响的(其实一直到现在都没有完全彻底的摆脱),伊斯兰教到现在都是政教合一,这其中孔子的作用非常大。
第三,由于古代科学水平很差,对于无法理解的东西冠以鬼神标签是最简单的做法,也是愚民最容易接受的形式,在这种情况下要反怪力乱神其实是一件非常困难的事情,弄不好会及其民变。但是即便如此,我国的古人反鬼神的事还是办了不少的,比如有名的西门豹,战国时期就已经开始反鬼神了。在以后几乎每朝每代都有反鬼神的一些记载。其实横向对比一下,我国古代的鬼神的存在度应该是世界所有文明中最少的了,所谓的玉皇大帝其实和皇帝是平级的。