对近代史不是很了解,纯粹是从社会学角度出发抛砖引玉的一个简单答案。
肯定是不能杀的,因为要顾及舆论,以及防止起义的发生。
我想题主所谓的手握实权主要是指手握兵权吧。的确,兵权可以保证你控制当下的国家机构。可是你有再多的兵,你有保证你有实力财力和精力去镇压各地的叛乱吗?固然清朝政府昏庸无能,但是毕竟作为统治阶层存在了几百年。在当时的人们心中,他们就是天子,就是皇族,被他们统治是理所当然的。你袁世凯本是一介臣子,没有高贵的皇室血统,凭什么可以称帝?而且,更有人会想,既然你袁世凯都能称帝,凭什么我就不能。而且,杀掉皇族更是给了各地躁动不安的起义者一个大好的起义借口“讨伐叛贼”啊。所以,如果袁世凯杀掉爱新觉罗一族,等待他的就是各地让他应接不暇的起义大旗,几乎所有人(尤其是愚忠的知识分子)的口诛笔伐,以及一个历史上的犯上恶名。
历史总是相似的,建议题主阅读这篇文章,解释得很清楚。
曹操为何不称帝?