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为什么没有生物直接以 DNA 为模板来合成蛋白质?中间加一个 mRNA 有什么好处? 第1页

  

user avatar   man-si-lei-de 网友的相关建议: 
      

引一段《The Vital Question》里面的内容来回答这个问题。作者是Nick Lane。翻译者是我。简体中文版明年上市。黑体是我针对这个问题加的。


"所以,最初的真核细胞,是被自己内共生体放出的基因寄生虫大肆轰炸。讽刺的是,这些基因寄生虫“活着”的时候并没有带来多少问题,反而是它们衰退、死亡之后麻烦才来了。因为它们的残骸,也就是内含子,像垃圾一样乱扔在整个基因组中。这时宿主细胞就不得不把它们切掉,不然就会转译成毫无意义的蛋白质。如前所述,剪接体就是专门干这个累活的,它源于移动内含子的RNA剪刀。不过,剪接体尽管是精良的纳米机器,也只能部分解决问题,因为它的速度很慢。直到今天,经过了二十亿年进化的改良,剪接体要切掉一段内含子,还是要花几分钟的时间。偏偏核糖体的工作速度又奇快,每秒钟可以组装10个氨基酸,制造一个标准的细菌蛋白质(长度约250个氨基酸)只需不到半分钟。另外,剪接体要接触到RNA都不容易,因为一段RNA上常常嵌着好几个疯狂工作的核糖体。就算让剪接体接触到了,它慢吞吞的工作速度也来不及阻止核糖体生产大量无用的蛋白质,序列中夹杂着没有切出去的内含子。

细胞如何防止这样的错误灾难发生?马丁和库宁认为,在处理过程中插入一道障碍就行了。细胞核膜就是这道障碍,可以把转录和转译两个过程分开。在细胞核里,基因被转录成RNA转录本;在细胞核外面,核糖体会读取RNA,然后转译成蛋白质。最重要的是,缓慢的剪接过程在细胞核内进行,在核糖体有机会接触到RNA以前,已经处理完毕。这就是细胞核真正的意义:把干劲冲天的核糖体挡在外面。这就解释了为什么真核生物需要细胞核,而原核生物不需要。原核生物根本没有内含子的麻烦。"

Nick Lane写的这一段是探讨一种关于细胞核起源的理论。我认为这个理论很好地回答了本问题。毕竟,生物学中绝大多数问题,只有用进化的眼光来看才能make sense.


user avatar   corbicula 网友的相关建议: 
      

简单讲,一个需要日常双链保持稳定,一个需要日常时空上灵活以维持复杂的生命活动。稳定和灵活是矛盾的,所以就分工了。

另外,反对一下高赞提到的RNA世界假说。我向来不信RNA是原始生命形态,因为不稳定。原始生命形态应该是某种XNA,兼具稳定性和较灵活的催化能力,后来分化出DNA和RNA分别承担不同功能。因此说RNA的存在是历史原因造成的我觉得是在暗示RNA世界,未必准确。

原教旨的RNA世界假说已经越来越多人质疑了,我支持XNA world假说。


user avatar   biokiwi 网友的相关建议: 
      

看了眼答案比较多,但似乎都讲得比较杂,我就做个整合和补充吧

先有RNA还是先有DNA和蛋白质?

首先很多回答都提到了RNA是更早的遗传物质。这是为什么呢?生物考试的时候经常遇到的题目就是“所有酶都是蛋白质”,大家错得多了也就记得了,RNA也可以是酶。而RNA又具有和DNA类似的序列,可以存储遗传信息。

那么关于生命起源的假设也得出了——RNA可能才是最初的源起。这个假说很快站住了脚跟,并且为科学界所认可。

但是这终究只是个假说,但有什么证据吗?

已经有科学家尝试用RNA来合成生命,并且得到了可以自己复制进化,并且行使酶功能的RNA,当然这还只是个非常初始的模型,并不能真正实现,只能说RNA确实可能是生命的起源。

也有从最简单的生命体,RNA病毒的角度来研究的,并且猜测这种像RNA病毒一样的生物,是不是当今生物界的最后一位共同祖先(LUCA)。

最近11月份的报道,科学家从陨石上检测的有机化合物中,检测到了类似氨基酸和核苷酸的物质(分别是蛋白质和核酸的组成部分)。而核苷酸中没有检测到属于DNA的脱氧核糖,而是检测到了属于RNA的核糖,这似乎也是一个有力的佐证。

当然,还有的进一步的假说是RNA世界之前还有“前RNA世界”,即RNA的出现还需要其他的前体物质,这就离我们的问题越来越远了,暂且不谈。

多了RNA的作用反而更高效?

乍一看中心法则,好像确实如果大部分生物没了RNA,直接DNA转成蛋白质,那确实还蛮高效的。但是生物的世界的复杂性不是一个中心法则就能概括完的。中心法则只是提炼了其中的精华所在。

这个转录效率的问题,首先从结构看起,mRNA在翻译过程中,也需要发生一个tRNA和mRNA互补配对的过程,而DNA要实现这个过程,就需要打开自己稳定的双链。

这意味着,DNA形成可以稳定遗传给后代的双链就失去了意义了。为了高效表达蛋白,这个双链反复的开开闭闭,这听起来也不咋地有效率。

更何况,DNA除了双链结构,还有核小体(histone)包裹的二级结构,核小体相互结合的三级结构。这要是一层层打开,然后再让蛋白质翻译出来,这感觉不简单。

另一个问题是,mRNA的表达不是高中学的时候,DNA上一个基因转录成mRNA,mRNA再翻译成tRNA这么简单。为了高效利用mRNA,会有很多个核糖体结合上去,同时翻译。

这就像是,你以为中心法则只是一条流水线(核糖体),但其实是几十上百条流水线,看着同一份说明书(mRNA),没日没夜地赶工(翻译),才能保证细胞中蛋白质的需求。

这要是给双链的DNA来做,恐怕有点困难。如果真的就分开了,那DNA的稳定遗传的作用也不复存在了。

顺带一提,原核生物因为没有细胞核,所以可能那头的mRNA正在转录,另一头的mRNA已经开始翻译了。这是因为单细胞生物的外界环境更复杂,它们需要牺牲稳定性,来获取更快的反应时间,来对外界环境做出反应。

而说到细胞核,DNA存在于细胞核里,有着核孔像安检一样把关,其他的物质不能轻易进去,DNA的稳定性也能得到保证。

还要考虑转录调控的问题

除了效率问题,现实的生物体,不管是小如单细胞生物,或者是复杂的哺乳动物,什么时候,什么地方该表达什么基因,都是由准确的调控的,可不是一个中心法则就能讲清楚的。

我们现在来从胰岛素的角度想想,蛋白质是怎么产生的。这可能和你学过的有点不一样。

首先外界刺激,即你刚吃完饭血糖升高,对胰腺细胞产生刺激,信号进入你的细胞(现在还是曾经学过的还记得吗?)。这时会有一堆叫转录因子的蛋白会先行动起来,像快递员一样跑到核里特定的胰岛素基因前面,通知DNA:该表达基因了!

和转录因子一起到来的,可能还有各种各样的蛋白质,或者复杂的复合物,它们或是帮助DNA转录,或者是促进DNA大量表达,各司其职。

这时一个初始的mRNA诞生了!

但这个mRNA还不能开始发生我们熟悉的翻译,它还需要加工,不编码蛋白的内含子被切掉,外显子拼接起来。同时,不同状态下,剪接的流程也不一样:在这个时候可能就加工成A形态的mRNA去翻译,那个时候就加工成B形态的mRNA来翻译,甚至还有C, D, E...各种形态呢!

mRNA上可能还具有一些修饰点缀,比如为了能识别mRNA并且精确的表达,并保证mRNA的稳定,mRNA前面会有一个一连串A碱基组成的“头部”,还会在“尾部”戴上一个标志性的“帽子”。又或者是可能在核苷酸上有一些基团变化,那么在表达的时候也可以出现一些不同。

这个过程中,还包括了各种可能存在的表观遗传的现象:避免错误的表达,DNA不应该表达的地方,会有各种限制,比如:DNA甲基化像个开关一样死死关上,使得转录因子不能结合;核小体会紧密抱团结合起来,致密的DNA复杂结构使得这些地方打不开不能表达等等。

而RNA除了我们知道mRNA、tRNA、rRNA,还有各种各样的非编码RNA(不参与蛋白表达的RNA)执行着调控功能。

在这之后,胰岛素开始翻译,翻译的过程中到了一定的时候,血糖降下来了,新的信号出现了,mRNA会被降解。后面多出来的mRNA会被某些小RNA结合被清理掉。本来结合着那些转录因子快递员们也纷纷结束工作离开基因。而你也大概吃完饭一两个小时了。

而这,还只是复杂的分子过程中的冰山一角。

(其实也给大家简单介绍了分子生物学和表观遗传学的一些内容了)

回到问题:要是只是DNA到蛋白质,这其中的复杂调控可以顺利进行吗?虽然我们会说,想个办法总是可以的嘛。但是,RNA就是大自然给你的办法。

我们确实希望追求一个简单化的规则,比如中心法则,但是又不能因为其简单化,就想当然的以为这些过程可以轻易改变,这个简单的法则后面,可蕴含着好多复杂的东西呢。

这也是未来生物学要努力探究的内容了。


参考资料:

  • Wikipedia相关词条
  • Furukawa Y, Chikaraishi Y, Ohkouchi N, et al. Extraterrestrial ribose and other sugars in primitive meteorites[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2019, 116(49): 24440-24445.

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