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如何评价 μ 变异毒株 B.1.621 毒株已经蔓延到 40 多个国家?会带来怎样的威胁? 第1页

  

user avatar   rewrgf 网友的相关建议: 
      

两个月前621挺危险的,现在看来,和delta家族里几个比较强的子变种比,mu的水平是平平无奇。所以没什么可焦虑的。

不过我猜中了621,也就是21H,会被命名成mu,暗地骄傲一下。

至少 98 个国家发现 Delta 变种病毒,这会对全球疫情产生哪些影响?该如何防控?

字母又少了一个,但很明显现在发字母比之前谨慎很多,所以希腊字母还有很长一段时间可用,不会那么快被用完。


五毛钱竞猜哪个毒株会被命名成nu,可以评论区留言。第一个猜对的微信转账给你五毛钱。


user avatar   paizhaorushi 网友的相关建议: 
      

————2021年9月8日第一次更新————

两个更新。

一、东大佐藤佳老师团队新鲜出炉的预印本[1]

B.1.621/μ的抗体中和试验成绩在各大拥有专属希腊字母的毒株当中暂列榜首

如上图,佐藤老师分别做了康复者血清和BNT疫苗接种者血清的抗体中和试验;每个柱子代表一种毒株,柱子上面写在括号里面的数字是该毒株相对于原始株(最左边灰色柱子对照组)中和能力下降的倍数。


二、智利毒株流行率变化趋势,有点不妙:

当初delta进入智利,分分钟就被挤没了。

现如今B.1.621/μ进入智利,顿时站稳了脚跟,打开了局面……

(甚至还衍生出了子毒株)

很焦虑!

————以下是2021年9月2日原回答————

谢各位老铁邀。

其实问题描述里的那个链接,基本上已经涵盖我们截至目前能够实锤的所有信息了。

下面是其他渠道的一些信息汇总,但实锤程度和时效性可能还比不上问题描述里的文章,各位就当八卦看个乐子好了。

太长不看版总结:

  • B.1.621(μ)传染性或宿主适应性强于AY.1和B.1.617.2,弱于AY.3(可能也弱于AY.4、AY.12和P.1.7),稳进top 3
  • B.1.621(μ)免疫逃逸能力在有专属希腊字母封号的毒株里面约等于Beta,稳进top 2(但是没专属希腊字母封号的屁民毒株里面还有更猛的);
  • B.1.621(μ)毒力未知,但曾经刷出过100%完全接种的感染群挂掉三分之一的残暴记录;
  • 感染Delta之后的康复者血清,对B.1.621(μ)没有很强的中和效果
  • 最近大约10%的B.1.621(μ)已经获得额外的K417N突变,估计免疫逃逸能力将更上一层楼。


一、一些基本信息

  • B.1.621(μ)最早于2021年1月11日现身于哥伦比亚。
  • 截止8月底,全世界共有大约4600份测序记录(其中800多份是子毒株B.1.621.1)。
  • 已经蔓延到40个国家。
  • 流行率最高的地区是原产地哥伦比亚,流行率一度飙到了八成,目前还剩四成多。
  • 其他比较流行的地区包括南美洲北部和中美洲的厄瓜多尔、哥斯达黎加等。
  • 曾经在美国顶着delta的达到6.5%左右的流行率(部分州高达10%),不过现在已经基本上没有了。
  • 刺突蛋白部分的突变如下(其他部分的可以自己去这里看[2]):

如上图,浅紫色字母数字组合是碱基突变,深紫色字母数字组合是对应氨基酸突变,以及各自在刺突蛋白上的位置。

按现在的标准来说,刺突蛋白部分的突变位点只能算朴实无华(毕竟是1月份的前浪了),但每一个都踩中了要害

——比如说,请品鉴[3]

上图是巴塞尔大学Emma Hodcroft老师整理的VOC/VOI刺突蛋白突变发生频率排行榜。

B.1.621这货把前五名给集齐了……


——顺便看看这几个刺突蛋白突变的功能呗,请品鉴:

如上图,红色箭头代表传染性,蓝色箭头代表免疫逃逸能力。B.1.621这几个突变,简直个个好使~

(另外,这货之所以这么猛,至少有一部分是因为刺突蛋白之外的突变,比如ORF3a:Q57H、ORF3a:256/257del、ORF8:S67F和N:T205I这些可能都有份)


二、传染性(transmissibility)/宿主适应性(affinity)

南美那边的毒株,历来各种实锤出得慢,所以咱暂时只能观察观察外部现象了。

而B.1.621(μ)最大的外部特征正是流行率涨起来飞快,造成这一现象的原因可能是更高的传染性,也可能是更高的宿主适应性,又或者两者皆有。现在谁也说不清。

不过对于咱围观群众来说差别也不大,反正最后结果都是更容易中招……

所以咱现在只能说说流行率相对增长趋势(如果觉得不好理解的话,可以把流行率粗略地想象成市场占有率)

问题描述里面那张唬人的图,说的正是这货在南美的流行率突飞猛涨。

但那张图的比较对象实在太弱鸡了,Alpha和Iota都已然是昨日黄花,完全不足以说明B.1.621有多猛。

还是让老夫转几张更适合产生焦虑的(老)图吧。

——比如说,请品鉴:

credit: 荷兰乌特勒支大学Henk-Jan Westeneng老师

上图纵轴是各个毒株,横轴是全球42个国家周均流行率相对增长率,流行率增长越明显,则可以很粗略地代表该毒株传染性越高(higher transmissibility)或宿主适应性越好(higher affinity)。

另外横轴0.0处的那根虚线是作为对照标杆的alpha(前任扛把子已然沦落为背景板…)

可以看出,

B.1.621(μ)流行率相对增长率仅次于Delta,稳坐全球第二把交椅。


那么二把手和一把手的差距有多大呢?

——请继续品鉴:

credit: 荷兰乌特勒支大学Henk-Jan Westeneng老师

上图纵轴是各个不同国家/地区,横轴是周均流行率增长情况,

图中黑色圆点是一把手Delta(包括一代目B.1.617.2和各种徒子徒孙),绿色圆点是二把手B.1.621。

(前任扛把子Alpha继续充当背景板)

圆点越靠右,则流行率增长越迅猛。所以不难看出,虽然B.1.621整体来说负多胜少,但已然在不止一个国家/地区拔得头筹。所以:

B.1.621是疫情以来第一个不靠奠基者效应就足以跟Delta拼正面的毒株。


Westeneng老师八卦之魂熊熊燃烧,他专门挑了测序工作比较到位的英国做主战场,帮咱们把Delta大家族里面的一代目B.1.617.2以及实力最强的AY.3单独拎出来,跟二把手B.1.621分别对线。

——请接着品鉴:

这张图信息量超大,足以让人反复焦虑三遍。

首先,在英国,二把手B.1.621的流行率增速超越了B.1.617.2(也超越了陪跑的AY.1)

然后,Delta显然也不是啥善茬,徒子徒孙当中的AY.3又甩了B.1.621足足一个身位

最后,跑个题,请大家注意左上角有个不起眼的小黑点,那个是陪跑的beta(B.1.351)……之前常年被alpha摁在地上摩擦的beta,流行率不知不觉反超了背景板Alpha。


再举个美国的例子得了。

——请品鉴:

credit: 耶鲁大学Nathan Grubaugh老师

上图是耶鲁大学公卫学院Grubaugh老师根据康州确诊人数和他们自己的测序结果搞出来的各毒株有效再生数(Rt)。

7月份以后,所有毒株里面只有一把手Delta和二把手B.1.621的Rt>1


三、免疫逃逸(immune evasion)/突破感染(breakthrough infection)

简单地说,在免疫逃逸/突破感染方面,B.1.621在拥有专属希腊字母的毒株里面,可能仍然排二把手。

但暂时还没实锤数据,只有一些蛛丝马迹。

——比如说,请品鉴[4]

感染Delta之后的康复者血清,对B.1.621并没有很强的中和效果。

而个人盲猜,这一点可能正是B.1.621流行率增长如此迅猛的原因之一。

(也是英国的Beta流行率触底反弹的原因之一)

  1. 各位宿主大人蒙住眼睛W字脚躺平,
  2. Alpha先收割一轮,
  3. Delta再收割一轮,
  4. 最后B.1.621(以及Beta)上场恰点残羹剩饭……

——大概类似这样的场景吧,请忍泪品鉴[5]

土味翻译:某倒了血霉的护士阿姨,打完疫苗,先遭一发Alpha突破感染,再遭一发Delta突破感染,还尼玛重症……


三、毒力(virulence)/病死率(CFR)

这部分同样严重欠缺实锤数据,但目前已经掌握的少量信息非常不乐观。

——请品鉴[6]

比利时某养老院,已全员接种,爆发了B.1.621聚集性感染,21位老人中招。

挂了7位。

当然了,这个例子样本量太小,完全不够实锤。

但全世界那么多的养老院在发生突破性感染,一次中招20多个的聚集性感染群也不少见,

还真没听说挂掉三分之一的……


四、总结

总之,如果说Delta是传染性专精,其他方面中等的话,

B.1.621就尼玛是个六边形战士(三角形战士):

传染性top 3,免疫逃逸(曾经)top 3,毒力/病死率说不定还是能混到top 3

所以说啊,WHO后知后觉,分配希腊字母还严重缺乏统一标准。

居然直到这两天才舍得安排一个专属希腊字母给B.1.621~

失败。


五、未来展望

B.1.621和Delta的同台竞技非常有意思。

根据耶鲁大学Grubaugh老师的观察:

B.1.621会跟Delta联手快速做掉其他选手,

在这期间B.1.621的增长速度甚至可能超过Delta。

然而一旦进入两强对决阶段,B.1.621会快速被Delta取代。

——比如,请品鉴:

credit: Helix公司技术员Alexandre Bolze老师

如上图,一图秒懂系列,B.1.621和Delta在美国的流行率消长情况(注意坐标轴魔法)。

所以现在美国B.1.621的流行率只剩下0.1%的样子。

但这样就尘埃落定了吗?

可能还没有……

——咱回顾一下英国佬的原话啊:

感染Delta之后的康复者血清,对B.1.621并没有很强的中和效果。

并且,最近大约10%的B.1.621(μ)已经获得额外的K417N突变,免疫逃逸能力可能还会更上一层楼。


就这样吧,各位你们可以开始焦虑了。

参考

  1. ^ https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.09.06.459005v1
  2. ^ https://outbreak.info/situation-reports?pango=B.1.621
  3. ^ https://covariants.org/shared-mutations
  4. ^ https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1009243/Technical_Briefing_20.pdf
  5. ^ https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmed.2021.737007/full
  6. ^ https://www.reuters.com/world/europe/seven-die-after-outbreak-colombian-variant-covid-19-belgian-nursing-home-2021-08-06/



  

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