刚才港大关于本次仓鼠事件的预印本出来了(简直神速……)
所以咱在10天前推断的情况,又尼玛不幸言中了……
——请品鉴:
详见:
——港大Leo Poon老师版演化树实锤:
谢老铁邀。
直接搬运昨天晚上咱公众号那边的一点八卦吧。
简单来说,事情的来龙去脉是这样的……
简单来说,新冠病毒它是个特别不挑食的病毒,易感宿主范围特别广,
(或者说整个Beta冠状病毒家族都不挑食,都容易跨物种传播)
——一图秒懂,请品鉴:
↑ 上图是新冠病毒的跨物种征途(图太老,统计严重不完全)。
用人话来解释,
图里面但凡有实线箭头指着的,
都是病毒的真实世界实锤战绩~
然后双向箭头则代表了有反复跨物种横跳的实锤……
另外虚线箭头指向的几种物种,
指的是虽然没有真实世界案例,
但至少也是实验室实锤过的,
只有最后右下角几种物种是则暂时没有实锤的~
一句话总结就是——常见动物里面,但凡是个哺乳动物,就多半难逃此劫。
而且吧,上面那张图可能已经过时了……
随着Omicron横空出世,
新冠病毒的捕食范围再度大幅扩张。
现在连火鸡、鸡,还有小鼠都有可能易感……
——请再品鉴:
回到本次香港事件的主角仓鼠,
虽然之前我们并没有现实世界人传仓鼠或者仓鼠传人的实锤证据,
但是仓鼠本身已经是实验室里头各种新冠病毒相关研究最常用的动物模型之二了(仅次于小鼠)。
比如他们港大的相关领域顶流巨咖袁国勇袁老师,
就是个花式玩儿仓鼠的专业户……
总之,仓鼠对新冠病毒易感,这一点毫无疑问;
然后仓鼠和仓鼠之间互相可以发生传播,这一点也铁证如山。
——请品鉴[1]:
但在香港出事儿之前,
市面上并没有实锤证据可以证明人类和仓鼠之间可以发生相互传播。
然而之所以之前一直没有实锤,
并不是因为不容易抓住实锤,
而是因为这个世界实在太过于魔幻现实主义了……
以至于在全球大多数地方,
都没法组织起靠谱的流调工作,
所以不管是仓鼠阳性,还是仓鼠主人中招,
翻来覆去都是一本糊涂账,摊手~
不过类似的事件一旦发生在香港,
立马就露出蹊跷了……
毕竟,正如上文所述,
这位中招的女店员,
她并没有到过宠物店仓库,
而仓库里边却检出了大量阳性环境样本,特别是仓鼠食盆这种玩意儿……
所以仓鼠传人的可能性,应该说非常大了。
但另一方面,如果按照病程进展和代际间隔来推测的话,
1月4日和8日两次到店的无辜母女俩,
她们的中招模式则更可能是人传人,
或者说,她们是阳性店员的续发病例~
也就是说,香港不仅大概率发生了仓鼠传人,
而且仓鼠传人之后,
还足以建立稳固的感染链,
造成续发的社区蔓延风险。
这就很焦虑了。
不过吧,以上事件虽说是大概率,
但毕竟还算不上绝对的实锤。
(归根结底,这类事件本身也不容易实锤)
除了仓鼠传人这个几乎100%的可能性之外,
现如今还没法完全排除另外两种理论上成立的微弱可能性:
所以鉴于上述情况,
现在香港方面可能需要尽快公布香港测序记录,
并与荷兰那边的序列进行比对。
如果有匹配记录的话,
就可以一举排除上述第一个可能性;
(至于第二个可能性,虽然非常微小……但实在不容易证实或证伪)
截止2022年1月19日晚上10点,
香港已经公布了初步测序结果。
——请看:
简单来说,为了抢时间,
香港卫生署用了某种只能测刺突蛋白S1结构域这一小部分区域的技术,
快速拿到了三个特征突变:
D427G、L452R和T478K。
信息还很不足,但已经可以品出很多东西了:
首先,L452R+T478K的组合,几乎实锤了这是个Delta序列。
(当然,香港官方早就说了,这是Delta)
然后呢,D427G是一个非常罕见的突变,
截止2022年1月19日,
GISAID超过700万条序列里面,
只有700来条D427G,
或者说占比不到0.01%。
并且这757条D427G里边儿,有足足693条是Delta。
再刨去那些大概率已经灭绝的早期记录,
以及一眼看上去就有QC问题的渣序列,基本可以说——
这玩意儿只会伴生于Delta。
再然后,粗略地理解,
占比超低的特征突变,
说明牵涉到非同寻常的宿主可能性更大一些。
毕竟不同的动物宿主基本都会有不同的适应性突变,
而这些适应性突变放在人类宿主的序列里面,
则多半会显得特别少见。
(比如咱之前提到过,水貂的V367F和F486I,老鼠的Q493R和Q498H等)
——具体请品鉴:
↑ 以上是病毒学巨咖Robert Garry老师归纳总结的各种非人类宿主特征突变,
当然了,不算特别齐,
比如说仓鼠部分就只列出了刺突蛋白H655Y,并没有提到D427G。
以及,很可惜的是,
荷兰上传的9万多条序列里面,
并没有D427G相关序列。
所以一举破案的奢望可以说破灭了……
最后,上述693条包含刺突蛋白D427G突变的Delta序列里面,
采样日期在2021年12月或以后的只有149条,
主要分为4个clade,
分别分布在丹麦、德国/奥地利、英格兰,以及美国加州/科罗拉多州/亚利桑那州。
各自在Delta底子之外的额外特征突变如下:
所以等明后天香港那边完整序列一出来,
这玩意儿的源头就有可能真相大白。
到时候再结合流调和入境记录,
相信可以顺藤摸瓜把这个问题彻底解决。
顺便一提,
今天之前,
整个GISAID700多万条测序记录里边,
只有14条仓鼠宿主的记录。
其中两条来自俄罗斯,
采样日期为2020年4月,
是Gamaleya搞研究用的,
不知道为啥他们给上传到了公共数据库;
而另外12条则全部来自印度,
采样日期则是2021年11月……
要不是印度这12条序列都是跟这次香港事件完全无关的Omicron,
咱简直都要以为罪魁祸首在孟买了……
最后顺便说一下新冠渔护署扑灭两千只仓鼠的决定吧~
毕竟这事儿反弹还挺不小,
并且对仓鼠的大规模扑杀,
跟他们之前对待阳性家养猫狗的做法形成了鲜明对比。
关于这个问题,
咱觉得香港那边经常上镜刷存在感的呼吸科大佬梁子超老师说得就挺好。
梁老师:
Hamsters were imported into Hong Kong by air in herds of hundreds. This could allowed sustained transmission in herds recently imported from Holland. Apart from 11 PCR+ hamsters in a pet shop with 2 human cases, PCR+ in environment of midway godown: Likely animal route of import.
The delta variant in pet shop worker has a genomic sequence never seen in Hong Kong. Her frequent occupational exposure to a heavily infected herd of hamsters could lead to this first reported likely hamster to human transmission.
Hamsters, like chickens, raised in herds pose hazard not only to those occupational exposed and possibly the pet owners, but once a human being is infected, it could lead to rapid dissemination like what has likely occurred after the pet shop girl got infected.
Testing cannot exclude infection in incubation period as well as low or intermittent viral shedding. Culling is therefore needed not only to protect the pet owners but also to prevent outbreak in our community.
Adequate population density is needed for sustained transmission in either human or animal hosts. Sale of large herds of imported infected hamsters through retail chains expose thousands of naive persons to SARS-COV-2, posing major public health risk, even if risk to single low.For infection of cats or dogs from owners, they occur rarely and even if back transmission truly occurs, it largely affects only the already exposed family, with marginally increased risk. The scale of public health hazard is much lower, and does not justify mass culling.
梁老师发言大意(顺便加点料):
香港进口这些仓鼠的时候,
都是每批成百上千只挤在小笼子里运过来的。
这种密集环境大大增加了动物之间形成稳定传播链的风险。
这就是为啥除了11例阳性仓鼠和两例阳性人类之外,
咱还在仓库里检出了大量阳性环境样本。
宠物店女店员感染的Delta序列之前,之前从来没在香港出现过,
她的工作性质要求她频繁高危暴露于涉事仓鼠,
而这批仓鼠及其所处环境,已经检出多份阳性样本。
所以她有可能就是第一例仓鼠传人的实锤案例。
并且由于这些仓鼠入关时(以及在仓库时)的生活状态,
它们很可能已发送相互感染,
还有可能继续传播给饲主。
如果不及时果断扑灭的话,
这些跨物种回传还可能造成进一步的社区扩散。
另外,核酸检测的灵敏度不可能达到100%,
更不可能发现早期感染病例。
(并且仓鼠的体型也决定了不方便给它们做大规模检测),
所以扑灭也是无奈之举。
至于说之前那些猫猫狗狗……
持续传播的前提条件是居住密度,
这一点对于人和宠物都成立。
这批仓鼠(在运输过程中、宠物店里以及仓库里)的居住密度特别感人……
但猫猫狗狗毕竟不一样,
它们都是养在家里的,
这时它们中招的渠道不外乎是被饲主传染,
而反正饲主都中招了,
其实并不会增加太多的额外风险。
(咱主观上不太赞同梁老师的最后一段)
这个问题以前已经说过很多次了,
懒得再重复了,
感兴趣的自己去公众号翻老文吧:
这里补充一点猫传人的实锤证据得了~
2021年11月份,
拉脱维亚Latvian Biomedical Research and Study Centre在GISAID上传了两份猫感染新冠病毒的测序记录,以及……
——请品鉴:
惊不惊喜意不意外?
我国的外交是客观而务实的。
我国不干涉他国内政。
我国不输出价值观,不输出意识形态,充分尊重世界各国的民族自决,只要不给我们捣乱,只要不危害我国安全,伤害我国利益,就都可以谈……
你不喜欢宗教保守势力,我也不喜欢宗教保守势力,但是这个世界上还存在着比塔利班还极端、还保守的宗教国家——沙特,他们跨国活剐了记者,石头砸死通奸者,但国际上屁都不放一个;他们还是全世界极端恐怖分子的背后大金主,各路恐怖组织都拿着他们的钱。
但人家是美国的忠实盟友,所以国际上没有人说沙特是“邪恶国家”、“恐怖主义”。
不说沙特,说“灯塔”美国,这是二战以来发动战争最多,杀人最多的国家,绑架、暗杀、轰炸、屠杀平民啥都干过,若说恐怖主义,美国是全球赫赫有名的“国家恐怖主义”……要反对恐怖主义,要先从源头反起,“魔心不死,魔王难除”。
至于阿富汗,当年苏联不喜欢阿富汗的政局,打了10年,付出了巨大的代价,没能给阿富汗带来人民民主,只带来了更极端的宗教武装和军阀混战……美国不喜欢阿富汗的塔利班,打了20年,烧了两万亿,付出了巨大的代价,害死了几十万人,没能给阿富汗带来民主自由,只带了更深的灾难……
苏修美帝都是行动派,且不管他们是不是“好意”,好歹都是行动派,但他们都没有办法解放阿富汗,改造阿富汗……这说明阿富汗人就是反感外来的“救世主”,就是反感帝国主义高高在上开着飞机坦克来“解放”,他管你输出什么普世价值,他只看到你杀他的同胞,烧他们的村子,割他们孩子的喉咙……他们眼里没有“解放者”,只有“侵略者”。
所以,你要不喜欢他们,你也可以学苏修美帝,去行动,你都不肯用自己的鲜血捍卫你信仰的东西……你岂不是连落后、极端的塔利班都不如?
另外,你怎么想是你的事,不要绑架所有人,更不要对外交战略指手画脚。
我们不但要用发展的眼光看别人,也要用发展的眼光看自己。
共产主义政党长期治理的喀拉拉邦在印度处于人类发展指数的前茅,这就是共产主义对印度的影响。
另外,南亚人是非常非常喜欢取经名的。这也是一个地域特色了。