在古生物之中,最早出现的鳃并不是呼吸器官,而是调节体液平衡、对抗脱水和脱盐的简单线性构造;在从海水进入淡水生活的时候,交换离子的能力变得更加重要,对发达的鳃产生选择压。
鳃在进行离子交换的同时可以进行气体交换、排出代谢废物并截获水中的颗粒,允许其兼用于呼吸、排泄和某些生物的滤食,发挥这些功能都是和水接触的表面积越大越好。能获取更多氧气的鳃让动物的动作可以更加有力而迅捷,由此产生正反馈让鳃演化得更大、更复杂来取得更多氧气。但同时这个系统也给使用它的生物的体型设下了极限:
这个限制比例对古生物和现代生物来说是一样的,但古代地球的大气氧含量与水中溶解的氧含量经常和现在截然不同,由此对古生物的具体限制和现在有差异。
在软体动物身上,许多物种的鳃和附属的出水管随着时间变得高度特化于滤食功能,有些还具备了自切与再生能力来对抗捕食者(例如长竹蛏的出水管)。帽贝、海蛞蝓往往退化了最初的鳃,然后以其它身体构造特化为鳃。
现代生物之中有一部分的鳃还在使用古老的简单结构,另一些则高度特化为繁杂的迷宫构造。复杂度介于二者之间的物种较多。在极限复杂度上,现代生物的鳃并不一定超过古生物,反而可以看到许多现代生物精简了祖先身上过度繁复的构造。尤其是一些原始四足总纲动物成体还保留着鱼那样的内鳃,现代两栖·爬行类则全部放弃内鳃,只有洞螈、泥螈属等极少数物种成年仍有外鳃。