原因有好几个
首先历史上,虽然16世纪开始两个地区就同属于哈布斯堡王朝控制之下,然而波西米亚和摩拉维亚长期作为神圣罗马帝国的一部分,受到德意志地区很强的影响。而斯洛伐克则是匈牙利王国的一部分,随着匈牙利而被哈布斯堡家族统治。直到1918年,在奥匈帝国行政区划下,属于内莱塔尼亚的波西米亚王冠领地,和作为外莱塔尼亚匈牙利一部分的斯洛伐克,政治结构,社会氛围,都完全不一样。
其次语言上,虽然斯洛伐克语的西部方言与捷克语很接近,但中部和东部方言带有东斯拉夫语族,南斯拉夫语族的特色,还受到波兰语的影响。双方交流起来还是有难度的,加上没有什么共同的历史,难以塑造民族认同感。
再次宗教上,作为宗教改革的发源地之一,并且有着胡思这样先驱的捷克地区,宗教一度以新教为主流。而二战后的教育,使得目前捷克过半人口都是无神论者。与之相比,斯洛伐克的宗教气氛很浓,并且70%的人口是天主教徒。冷战后相当多的斯洛伐克人认为布拉格的世俗政府会干涉自己的宗教自由。
再者是经济上。冷战前波西米亚是欧洲重要的工业区,而斯洛伐克则属于“老少边穷”了。在二战后,捷克向斯洛伐克进行了大量的财政转移,并且转移了不少产业使得两个地区的发展逐渐持平。然而,捷克人觉得斯洛伐克人在吸血,而斯洛伐克人则觉得捷克人转移的大都是落后重工业,自己是他们的“垃圾场”,于是双方都对此不满。拿中国类比,长三角珠三角觉得每年进行财政转移,是全国其他地方吸自己的血;而贫穷地区也觉得全国好的政策给了两三角且坐拥好的地理位置,是两三角吸了自己的血。
最后说点我个人的“神论”:90年代东欧各国的民族主义纷纷抬头,是作为对GC时期宣传的逆反。这个时间点可以说是东欧民族主义情绪最高的时期,就像一个被压久了的弹簧忽然松了,势能急剧释放了,而我个人对这种民族主义情绪并不支持。