有个误区需要澄清。
很多人根据赛义德汗效忠过巴布尔的历史,错误的认为叶尔羌汗国和巴布尔帝国关系很好甚至有番属关系。但实际上叶尔羌汗国和巴布尔帝国长期处于敌对状态,甚至发生过多次的较大规模武装冲突,除了少数几个时段因需要共同对抗布哈拉汗国等原因短暂和好外大部分时间关系不太好,但两者之间的贸易来往十分密切。
当年巴布尔帝国、波斯人和哈萨克人以及费尔干纳地方诸侯等多方联合搞了昔班尼,赛义德汗率领巴布尔帝国远征主力军占领了塔什干,波斯人占了花剌子模的部分地区,哈萨克人占领了原白帐汗国的部分草原地区。巴布尔命令赛义德汗继续往北往进军钦察草原,往东北进军占领七河地区,全面占领昔班尼汗国领土。
然,赛义德汗私自与哈萨克汗会面,并打成协议出卖巴布尔,得到前者的5000骑兵支持和后方援助,向东进军南疆,打出一片自己的江山。赛义德汗率领巴布尔远征军里的亲信一万余人,哈萨克汗援助的5000骑兵以及费尔干纳诸侯们的拥护下,借到七河(蒙兀儿斯坦)占领乌什、英吉沙和喀什噶尔,在南疆站稳了脚。
由于主将和军队主力的出走,巴布尔远征军被乌兹别克人反攻,哈萨克汗迅速跟昔班尼残部结盟扶持布哈拉汗国,哈萨克汗派使团说服波斯人共同对抗巴布尔。使得巴布尔丢失中亚的所有新占据之地,破灭了他一统中亚的梦想,被迫退回到阿富汗地区。塔什干和费尔干纳以及七河南部伊克赛湖、伊犁地区归赛义德汗。哈萨克汗国占领了昔班尼汗国在咸海以北的所有草原,布哈拉汗国在河中得以续命(完成钦察乌兹别克人被察合台维吾尔人全面同化和融合)。
赛义德汗时期叶尔羌汗国和巴布尔帝国之间的小规模型冲突不间断过,巴布尔帝国多次支持布哈拉汗国乌兹别克人和哈萨克人对叶尔羌汗国的侵略。
《苏丹赛义德汗传》记载:赛义德汗在伊克赛湖河畔跟哈萨克―北柯尔克孜联军打仗时,遭到巴布尔帝国偷袭,赛义德汗分兵1万5000骑兵援助喀什噶尔军应敌,导致兵力悬殊而败于哈柯联军,失去了塔什干和七河地区的控制权。
直到热师德汗继位,跟巴布尔帝国和好共同抵抗布哈拉汗国乌兹别克人,这才有机会击退哈萨克人重新进入七河,联合吐鲁番汗国共同击退瓦剌人到也米立(阿勒泰额尔齐斯河)收复伊犁塔城(吐鲁番汗国收回了乌鲁木齐昌吉等天山北坡并一度进入现代蒙古西南部分)。由于乌兹别克人和哈萨克人联合进犯塔什干以及费尔干纳安集廷,迫使赛义德汗跟瓦剌人和谈联姻停火。