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研究人员称发现「德尔塔+奥密克戎」混合毒株,具体情况如何? 第1页

  

user avatar   paizhaorushi 网友的相关建议: 
      

————2022年1月11日第一次更新————

最新情况,

塞浦路斯专家认怂了,

相关序列已下架。

哇哈哈哈~

(目测是因为顶流巨咖Jeff Barrett老师亲自下场了,摊手)

————以下是2022年1月10日原文————

谢邀,

假的。

塞浦路斯实验室的锅。


首先,这24个所谓的“混合毒株”,

它们就完全不在一根演化树分支上头……

——请品鉴:

↑ 上面是根据塞浦路斯1月7号上传的那24个测序记录生成的无根演化树(down sampled)。

其中每一个小圆点代表演化树上的一个测序记录,

不同的颜色代表不同毒株(可以参考左上角)

Omicron全都位于图右两点半方向;

Delta则位于图左,占了小半壁江山(没办法,这货毕竟当了很久的扛把子)。

然后问题就来了,

塞浦路斯所谓的发生了重组的24个序列(鲜红色小圆点),

全尼玛三不沾,

随机分布在Delta这一半演化树的不同分支上,

毫无规律可循~


用人话来解释,

这就是说这24个序列相互毫无亲缘关系,

用更浅显的人话来解释,

也可以说,

如果塞浦路斯这个实验室真的发现了Omicron/Delta重组的话,

那么他们就一口气发现了20多次独立重组事件[捂脸]


作为对比,

咱们来看看真正的重组毒株的演化树是啥造型……

——请品鉴:

↑ 上面是根据日本实锤Delta/Alpha重组毒株XC生成的无根演化树。

24个XC(鲜红色小圆点)老老实实排在同一根演化树分支上~

(或者用黑话来说就叫monophyletic)


同样的思路,稍微换个角度,

——请再品鉴:

↑ 上表首列是塞浦路斯公布的那24个序列,

首行则是这些序列里面跟Omicron相关突变。

24个序列里面有19个序列的涉嫌突变是刺突蛋白69/70del……

另外有5个则随机发布在其他几个位点。

首先刺突蛋白69/70del就尼玛不是啥特别稀罕的玩意儿,

市面上有差不多40种变异株的刺突蛋白69/70del发生比例超过80%。

然后Delta也会随机变出这玩意儿。

——请品鉴:

↑ 在Omicron面世之前,已经有差不多4000多条带了69/70del突变的Delta了~

当然,有的朋友眼尖,

可能已经看出来了,

4000个测序记录相对于Delta庞达的数量而言其实比例很低(实际比例可能比这个高一点,原因后叙)。

但这一点恰恰就是最大的破绽。

现在这24个有问题的测序记录全都是Delta的底子,

还碰巧全都带了按说比例应该很低的69/70del突变,

结果它们居然还可以在演化树上各奔东西……

这尼玛到底是一种什么奇迹?


至于剩下那5个夹杂了其他Omicron相关突变的测序记录,

它们互相之间的差别如此明显,

以至于又绕回到最开始的那个老问题(但这次甚至都不用对着演化树撸了):

如果这是真的重组事件,

那就只能理解为塞浦路斯这家神奇的实验室在短时间内发现了5次独立的重组事件……

……

来人啊,给塞浦路斯专家们上诺奖!


下面这部分各位可以看都不用看,

因为开局的那张演化树截图,

已经足以实锤塞浦路斯这家实验室翻车了~


但这家实验室到底出了啥毛病?

各位看看下面这篇预印本就清楚了~

——请品鉴[1]

这玩意儿比较小众偏门,

很难翻译成大白话解释清楚,

所以咱尽量重新组织语言八卦两句吧……

总而言之,

这篇预印本发表于2021年9月份(Omicron还没出世),

说的是伯尔尼大学几位老师发现,

用桑格研究所的ARCTIC V3全基因组测序规范[2]去测Delta时,

经常会发生刺突蛋白NTD结构域几个突变位点测不出来的毛病。

原因在于,ARCTIC V3是一种基于扩增子堆叠(amplicon tiling)的测序技术,

每个扩增子覆盖大概350bp的测序范围,

然后扩增子之间有大概20bp的重合,

再然后,每个扩增子片段测到的序列会由某种黑科技算法拼起来,

最后就变成了咱看到的全基因组测序结果。

但是对于Delta,伯尔尼大学的老师们观察到:

↑ 他们首先发现了刺突蛋白69/70del这个突变在Delta身上很容易漏掉,

接着顺藤摸瓜,发现是第72R号扩增子出了毛病(也涉及到73R),

最后他们发现,整个72R号扩增子的覆盖范围(也就是21357-22346位点)都有可能被漏掉。

(更详细的解释还可以看这里[3]


那么上面说的这一堆,跟塞浦路斯的所谓[混合毒株]有啥联系呢?

这事儿的来龙去脉就在于,

首先,塞浦路斯这家翻车实验室用的正好是ARCTIC V3规范,

(这很正常,全世界很多实验室都用的这玩意儿)

——请品鉴:

然后,上面已经解释过了,

用ARCTIC V3测Delta的时候,

整个amplicon 72R负责的范围都有可能拉胯,啥都抓不到。

但是这时候PCR还是要扩增~

正牌拉胯了,那么这个区域但凡有一丢丢痕量级的污染,

都有可能被无情地扩增……

所以最后让我们回头看看塞浦路斯这24个所谓的[混合毒株],

最醒目的Omicron相关突变出现在什么位置呢?

是的各位你们没记错,

刺突蛋白69/70del

哈哈哈哈~


补充一句,

咱只是想说塞浦路斯的那24个测序记录是实验室翻车事故,而不是重组实锤。

咱并不是说Omicron和Delta不能发生重组。

刚好相反,

鉴于目前Omicron和Delta传播的迅猛程度,

以及两种毒株弱到伤心的交叉免疫程度,

再以及新冠病毒共感染时的重组事件频率,

这两者发生重组只是迟早的事儿,

而且很有可能已经发生过了……

只不过暂时没抓住实锤而已。

参考

  1. ^ https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.09.09.21262951v1.full
  2. ^ https://artic.network/ncov-2019
  3. ^ https://virological.org/t/missing-g21987a-mutation-in-sars-cov-2-delta-variants-due-to-non-specific-amplification-by-artic-v3-primers/764



  

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