题主的题干至少有两个用词不明确:“光速”和“突然”。
首先,如果这真是一艘“光速飞船”,那么恭喜,咱马上就能看到牛顿和爱因斯坦等一大票人怒掀棺材板,因为它已经成功违反了几乎所有已知定律。它破坏了时空因果结构、狭义相对论基本假设、分母不能为0,它需要无穷大能量、拥有无穷大质量、观者测得空间长为无穷短、密度为无穷大...更多的就不提了,总之你只需要知道,光速比你想象的“硬”得多,再怎么说它也是个由μ0和ε0决定的基本常数,要打破它等于篡改物理规律,就好比中二少年妄图成为上帝一样。别被软科幻洗脑了。
当然,阿库别瑞度规以及Kerr黑洞的无限红移面内可能出现坐标超光速,哈勃宇宙的膨胀也允许遥远星系间的移动速度出现坐标超光速,但那没有改变“质点世界线是类时曲线”的基本准则。因此,题主的条件“光速飞船”完全不成立,我们姑且假设题主说的是一艘接近光速的飞船。
在减速时,依照乘客的状态,分为两种状态:1.前方有阻挡物,或者说乘客面对飞行方向的后方坐着,在前面有椅子挡着。2.乘客面对飞行方向,且他的安全意识不太好,没有系安全带。
然后就是“突然”,请问突然是多长时间?学过初中物理的都知道a=Δv/Δt。姑且假设这个“突然”长达二十分钟,易知加速度约为3000m/s^2(暂时假设“1%”是相对飞船系而言,懒得按狭相算速度变换),也就是,在第一种情况中乘客会被以300倍地球重力碾在椅子上,按人体承受的极限加速度为12G来看,显然他们将当场去世。如果这个“突然”再“突然”一点,暂时不考虑飞船的引擎是如何做到这么大的加速度的并把飞船船体当作绝对刚体考虑,而且取第二种情况,那么这群人将当场以1%光速作匀速直线运动,直直离开座椅被轰在前面的舱壁上,别说肉泥了,骨灰都给你扬喽。
此外,虽然0.01c不足以克服人身上多数元素的势垒,但考虑到隧穿,乘客们依然可能有一部分原子发生聚变,其体内的C-12或O16与氕核相撞,放出大量能量,为这堆肉泥增添了一份绚丽。
如果考虑到速度变换,以静止系的1%来算,飞船内观者感到的加速度显然更大,所以这些可怜的乘客只会被压/摔得更惨。
综上所述,在对题主的条件进行一番必要补充后,得到的结论是:会,而且这个肉泥将不是一般的糜。