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分子动力学软件那个比较快? 第1页

  

user avatar   zdzhu_simm 网友的相关建议: 
      

单纯论速度,合理计算配置(用GPU跑)下,主流计算程序中无脑推荐GROMACS。

首先是开发理念上的问题。GROMACS一定程度上源于GROMOS开发者理念上的分歧,一部分信仰更好的力场,一部分信仰更快的速度,后者使得GROMACS脱胎于GROMOS而成为一个单独的动力学程序。所以在开发理念上,GROMACS的理念是速度第一,功能第二(甚至不惜牺牲功能),这也就是为什么早期版本的GROMACS功能可能比新版本的更多,但新版本的速度会比老版本的更快(比如2019版比2018版显著提升了GPU加速性能并提升了对OpenCL的支持,但彻底放弃了QM/MM接口并去掉了隐式溶剂模型)。相关测试结果见图1和图2。

BTW,尽管图2中以Tesla V100作为高端GPU的参照,但实际上其性价比未必是最高的(不差钱的请跳过这一段)。Tesla系列专用于科学计算,双精度性能远高于GeForce系列,但单精度性能几乎相当;在大多数情况下,单精度浮点通常已经可以满足动力学的精度需求,但与此同时,Tesla系列的价格却远高于同级的GeForce产品。附一份比较古老的测试结果,可以看到在此测试结果下,论性价比会比较推荐2080/2080Ti,及多卡并行的情况,V100对动力学性价比不高;而对CPU,只要不是太烂,差别不大。

参考文献:




  

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