气候变化可能会增加整个非洲的降雨量,但其分布不均匀,过去十年间东非出现了多次大旱。乞力马扎罗山冰川的消退预期会引起部分河流干涸。雨季降雨量的增加、旱季的延长和热浪强度上升、二氧化碳浓度升高可能会让原本干旱地区的草原与部分稀树草原让位于木本C3植物,而在原本就潮湿的一些稀树草原中可能进一步限制树木的生长,让其变成草原,其中少数地方可能成为湿地。
人类对食草动物群落的直接攻击与栖息地破碎化、人类农业的进军、野火在一些地区的减少对稀树草原退化起促进作用。某些地区可能出现比现在持续时间更长的荒漠化。
埃塞俄比亚、肯尼亚、索马里等国可能在今后多次发生比过去十年还要严重的饥荒,并爆发围绕水源进行争夺的战争,那对东非大草原的保护不会有什么好处。