两者侧重不同,vmd一般是生物蛋白分子用的多,ovito应该是金属体系用的多一点。vmd里面有tcl脚本语言,ovito有python脚本,个人还是习惯用ovito, ovito3.0以后版本改成pro收费了,新增了许多功能,python只能在pro版使用。如果想使用python的话,用2.9版本就好了