首先更正一下题主,波西米亚新教徒即使成功了,从法理上也还是帝国的一部分(尽管不是ReichKreis),所以严格说谈不上独立,只是很可能从天主教哈布斯堡家的直接统治下摆脱出来,从而使帝国内部的宗教力量对比产生转变而已
至于最终没有成功的原因,因为白山之战GG后波西米亚的新教根基基本上被连根拔起了,宗教、文化、经济、政治等方面无一例外。
哈布斯堡在战后对波西米亚领地做的处分简单概括如下
1. 公开处决27名起义首谋者,包括10名贵族以及布拉格大学的高级牧师,监斩的是帝国重臣列支敦士登公卡尔一世,重塑皇帝权威
2.剥夺大量本地贵族的财产,将没收的财产转售给信奉天主教的非捷克本地人,包括帮助皇帝击败新教联军的爱尔兰、法国和意大利裔的军事指挥官,等于直接空降了一批愿意效忠皇帝而非代表本地土著利益的特权阶级
3.全面展开反宗教改革,驱逐大量路德宗、加尔文宗和其他异端人士(有意思的是,犹太人留下了),共计有15万人被驱逐,剩下的新教贵族也被强迫改宗
4.修宪。明确波西米亚国王不再经过选举,由哈布斯堡世袭,同时所有官吏必须宣誓效忠,德语获得与捷克语同等的官方语言地位
而且从法理上说,波西米亚本来就是哈布斯堡属地,地理上也处于大后方的位置(另一方面,奥斯曼帝国因忙于波斯方向的战事而无法给予特兰西瓦尼亚公加里布埃尔·贝特伦更多支持,保证了哈布斯堡匈牙利属地没有受到太大威胁也是重要因素)使得这一系列改革在没有直接外部军事地干预下可以比较稳步在推进
所以即使到了战争后段,瑞典军数度侵入波西米亚最后还在Jankau大胜帝国军时,对一个已经经过大换血的波西米亚也没有什么处置的立场(与之形成鲜明对比的是早先在布拉格合约已经从法理上被正式授予新教诸侯扛把子萨克森选帝侯的卢萨蒂亚,就免受波西米亚一样的反宗教改革迫害)