没遇到过这种事情,不过可以谈谈解决思路。
我给你的建议就是不要在http://ASP.NET运行时中加载非托管资源,因为http://ASP.NET运行时的管理与普通桌面应用差别非常大。你可以采用远程调用的方式来访问非托管程序,例如.NET Remoting或是WCF技术,让托管资源和非托管资源在独立的进程中运行,应该可以从根本上解决问题。